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万見
- PDB-3pru: Crystal Structure of Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pru
タイトルCrystal Structure of Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1 (fragment 14-158) from Synechocystis sp. PCC 6803, Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR182A
要素Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker domain / serine acetyltransferase, domain 1 / Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Phycobilisome linker domain / serine acetyltransferase, domain 1 / Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.677 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. ...Kuzin, A. / Su, M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR182A
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
A: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
B: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
D: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6066
ポリマ－73,5484
非ポリマー582
水1,22568
1
C: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4222
ポリマ－18,3871
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4102
ポリマ－18,3871
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3871
ポリマ－18,3871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3871
ポリマ－18,3871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.354, 91.532, 124.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod 1


分子量: 18387.008 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 14-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: cpcC1, sll1580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73203
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 3.7M NaCl, 0.1M HEPES-Na, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293KK

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 45882 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 45.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 4568 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OHW

3ohw


解像度: 2.677→47.77 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.792 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1236 5.11 %
Rwork0.193 --
obs0.195 24203 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.9 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 209.44 Å2 / Biso mean: 52.637 Å2 / Biso min: 17.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.511 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.946 Å20 Å2
3----15.565 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.677→47.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4659 0 2 68 4729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1726432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077674
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004852
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6491790
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.677-2.7840.3961140.3192285239989
2.784-2.9110.3441400.2692530267099
2.911-3.0640.2871280.2362552268099
3.064-3.2560.3011510.2162523267499
3.256-3.5070.251360.2052549268599
3.507-3.860.2231430.1792540268399
3.86-4.4180.21300.1512609273999
4.418-5.5650.2121390.15226302769100
5.565-47.7770.2061550.19727492904100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.046 Å / Origin y: -11.9572 Å / Origin z: -23.7695 Å
111213212223313233
T0.1738 Å2-0.0173 Å2-0.0169 Å2-0.1526 Å20.0124 Å2--0.192 Å2
L0.3824 °2-0.2301 °2-0.4505 °2-0.3633 °20.1944 °2--1.042 °2
S0.0338 Å °0.0144 Å °-0.0281 Å °-0.013 Å °-0.1051 Å °-0.01 Å °-0.0367 Å °-0.0458 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allC19 - 155
2X-RAY DIFFRACTION1allA15 - 156
3X-RAY DIFFRACTION1allB19 - 165
4X-RAY DIFFRACTION1allD19 - 153
5X-RAY DIFFRACTION1all1 - 93
6X-RAY DIFFRACTION1allC1
7X-RAY DIFFRACTION1allA1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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