[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3pfw: Crystal structure of human sperm-specific glyceraldehyde-3-phosph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pfw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of human sperm-specific glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDS) complex with NAD, a binary form | ||||||
Components | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specificGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / sperm-specific isozyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding ...flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / Gluconeogenesis / Glycolysis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Chaikuad, A. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Chaikuad, A. / Shafqat, N. / Yue, W.W. / Cocking, R. / Bray, J.E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2011 Title: Structure and kinetic characterization of human sperm-specific glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, GAPDS. Authors: Chaikuad, A. / Shafqat, N. / Al-Mokhtar, R. / Cameron, G. / Clarke, A.R. / Brady, R.L. / Oppermann, U. / Frayne, J. / Yue, W.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pfw.cif.gz | 274 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3pfw.ent.gz | 222.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pfw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/3pfw | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3h9eSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 74 - 409 / Label seq-ID: 6 - 341
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37844.109 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 69-407 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GAPD2, GAPDH2, GAPDHS, GAPDS, HSD-35, HSD35 / Plasmid: pNIC-CTHF / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-R3-pRARE2 References: UniProt: O14556, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.75 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277.15 K / pH: 6.5 Details: 20% PEG 3350, 0.2 M Na2SO4, 10% ethylene glycol and 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 12, 2009 |
Radiation | Monochromator: FLAT GRAPHITE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→67.77 Å / Num. obs: 35287 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 7 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.27 Å / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 92 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3H9E Resolution: 2.15→67.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 9.737 / SU ML: 0.132 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.204 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.02 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.277 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→67.77 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: O / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|