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万見
- PDB-3pcv: Crystal structure analysis of human leukotriene C4 synthase at 1.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pcv
タイトルCrystal structure analysis of human leukotriene C4 synthase at 1.9 angstrom resolution
要素Leukotriene C4 synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / membrane protein (膜タンパク質) / helix bundle (ヘリックスバンドル) / homo trimer / mGST / MAPEG
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / nuclear outer membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / 核膜 / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / Unknown ligand / Leukotriene C4 synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Saino, H. / Ago, H. / Miyano, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The catalytic architecture of leukotriene C4 synthase with two arginine residues
著者: Saino, H. / Ukita, Y. / Ago, H. / Irikura, D. / Nisawa, A. / Ueno, G. / Yamamoto, M. / Kanaoka, Y. / Lam, B.K. / Austen, K.F. / Miyano, M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of a human membrane protein involved in cysteinyl leukotriene biosynthesis
著者: Ago, H. / Kanaoka, Y. / Irikura, D. / Lam, B.K. / Shimamura, T. / Austen, K.F. / Miyano, M.
履歴
登録2010年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,77623
ポリマ－17,4121
非ポリマー6,36422
水1,69394
1
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,32869
ポリマ－52,2353
非ポリマー19,09366
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation48_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area5870 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area20670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.0295, 168.0295, 168.0295
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-251-

SO4

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 A

#1: タンパク質 Leukotriene C4 synthase / / LTC4 synthase / Leukotriene-C(4) synthase


分子量: 17411.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTC4S / プラスミド: pESP / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase
#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細LIGANDS ASSINGED UNL IN THE COORDINATES WERE SUPPOSED TO BE THE MALTOSIDE PORTIONS OF DODECYL ...LIGANDS ASSINGED UNL IN THE COORDINATES WERE SUPPOSED TO BE THE MALTOSIDE PORTIONS OF DODECYL MALTOSIDE, BUT THE ELECTRON DENSITY WAS NOT ENOUGH TO DETERMINE THE CORRECT ORIENTATIONS OF THE MALTOSIDE GROUPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES-NaOH (pH 6.5), 1.6M ammonium sulfate, 0.8M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20.4 Å / Num. obs: 30950 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Num. unique all: 4517 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UUI

2uui


解像度: 1.9→18.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.6 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MON_LIB in CCP4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19763 1568 5.1 %RANDOM
Rwork0.17819 ---
all0.17919 30949 --
obs0.17919 29381 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.263 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 156 94 1360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.62
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.338
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 113 -
Rwork0.225 2161 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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