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- PDB-3p3v: Crystal structure of a PTS dependent N-acetyl-galactosamine-IIB c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p3v
タイトルCrystal structure of a PTS dependent N-acetyl-galactosamine-IIB component (agaV, SPy_0631) from Streptococcus pyogenes at 1.65 A resolution
要素PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIB component
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PTS IIB COMPONENT / PHOSPHOTRANSFERASE / SUGAR TRANSPORT / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative PTS dependent N-acetyl-galactosamine-IIB component
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a PTS dependent N-acetyl-galactosamine-IIB component (agaV, SPy_0631) from Streptococcus pyogenes at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIB component
B: PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6536
ポリマ－36,1852
非ポリマー4694
水5,278293
1
A: PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1982
ポリマ－18,0921
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIB component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4554
ポリマ－18,0921
非ポリマー3623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.139, 80.696, 47.213
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND ANALYTICAL SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIB component / Putative PTS dependent N-acetyl-galactosamine-IIB component


分子量: 18092.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)
遺伝子: agaV, M5005_Spy0521, SPy_0631 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
参照: UniProt: Q9A0T4, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30.00% polyethylene glycol 6000, 0.1M HEPES pH 7.0, Additive: 0.005 M Mannose, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.96109,0.97934,0.97920
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961091
20.979341
30.97921
反射解像度: 1.65→28.638 Å / Num. all: 36409 / Num. obs: 36409 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.718 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.65-1.693.60.4911.6972426780.49199
1.69-1.743.60.3842945425950.38498.8
1.74-1.793.60.2962.6912425140.29698.7
1.79-1.843.70.2413.2901824640.24199.1
1.84-1.913.60.1764.4874824020.17699.2
1.91-1.973.70.145.4845123130.1499.1
1.97-2.053.70.1096.7817222350.10999.5
2.05-2.133.70.0947.6792821670.09499.3
2.13-2.223.70.0877.5762620820.08799.5
2.22-2.333.70.0827.7727719820.08299.6
2.33-2.463.70.0827.5688018780.08299.5
2.46-2.613.70.0738.3656517870.07399.7
2.61-2.793.70.0610.5616316780.0699.8
2.79-3.013.70.05311.9576615750.05399.9
3.01-3.33.70.04414.5521314210.04499.9
3.3-3.693.70.0415.4488013280.0499.9
3.69-4.263.70.0415.1427811690.0499.9
4.26-5.223.70.03616.635759770.03699.9
5.22-7.383.60.04116.327557610.04199.9
7.38-28.6383.40.0416.613584030.0492.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→28.638 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 3.65 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. POLYETHYLENE GLYCOL (PEG AND PGE) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTANT SOLUTION HAS BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1939 1816 5 %RANDOM
Rwork0.1584 ---
obs0.1602 36401 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.36 Å2 / Biso mean: 26.7488 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å21.16 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 31 293 2812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.9533592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90234269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9445348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.23525.701107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.715466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.895159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7731668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5343669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93152748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5228968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.75911834
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 119 -
Rwork0.228 2546 -
all-2665 -
obs--98.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.673-0.1715-0.24991.20040.14581.75710.0085-0.01040.0480.0577-0.0042-0.01360.0535-0.0094-0.00430.04010.0088-0.00430.016-0.00550.005134.60984.544424.7974
21.1823-0.4410.29471.6644-0.36660.7012-0.0324-0.01170.02590.05610.05020.1833-0.0137-0.0511-0.01780.00760.0001-0.00370.0609-0.00530.042523.763621.59937.2609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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