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- PDB-3oxo: Succinyl-CoA:3-ketoacid CoA transferase from pig heart covalently... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oxo
タイトルSuccinyl-CoA:3-ketoacid CoA transferase from pig heart covalently bound to CoA
要素Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ALPHA/BETA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Utilization of Ketone Bodies / cellular ketone body metabolic process / 3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / 3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferases signature 2. / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I ...3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / 3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferases signature 2. / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fraser, M.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Catalytic role of the conformational change in succinyl-CoA:3-oxoacid CoA transferase on binding CoA.
著者: Fraser, M.E. / Hayakawa, K. / Brown, W.D.
履歴
登録2010年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
E: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
F: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
G: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
H: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)429,89715
ポリマ－426,7208
非ポリマー3,1767
水7,927440
1
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7163
ポリマ－106,6802
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area34780 Å2
手法PISA
2
C: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
D: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7514
ポリマ－106,6802
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area34430 Å2
手法PISA
3
E: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
F: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2154
ポリマ－106,6802
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area32680 Å2
手法PISA
4
G: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
H: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2154
ポリマ－106,6802
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area32770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.121, 107.133, 134.565
Angle α, β, γ (deg.)89.60, 80.21, 75.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12A
22B
32C
42D
13E
23F
33G
43H
14E
24G
34H
15E
25F
35G
45H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 56
2116B1 - 56
3116C1 - 56
4116D1 - 56
5116E1 - 56
6116F1 - 56
7116G1 - 56
8116H1 - 56
1216A58 - 82
2216B58 - 82
3216C58 - 82
4216D58 - 82
5216E58 - 82
6216F58 - 82
7216G58 - 82
8216H58 - 82
1316A84 - 127
2316B84 - 127
3316C84 - 127
4316D84 - 127
5316E84 - 127
6316F84 - 127
7316G84 - 127
8316H84 - 127
1416A129 - 136
2416B129 - 136
3416C129 - 136
4416D129 - 136
5416E129 - 136
6416F129 - 136
7416G129 - 136
8416H129 - 136
1516A142 - 177
2516B142 - 177
3516C142 - 177
4516D142 - 177
5516E142 - 177
6516F142 - 177
7516G142 - 177
8516H142 - 177
1616A179 - 210
2616B179 - 210
3616C179 - 210
4616D179 - 210
5616E179 - 210
6616F179 - 210
7616G179 - 210
8616H179 - 210
1716A212 - 242
2716B212 - 242
3716C212 - 242
4716D212 - 242
5716E212 - 242
6716F212 - 242
7716G212 - 242
8716H212 - 242
1126A262 - 317
2126B262 - 317
3126C262 - 317
4126D262 - 317
1226A319 - 480
2226B319 - 480
3226C319 - 480
4226D319 - 480
1136E267 - 450
2136F267 - 450
3136G267 - 450
4136H267 - 450
1236E455 - 480
2236F455 - 480
3236G455 - 480
4236H455 - 480
1146E451 - 454
2146G451 - 454
3146H451 - 454
1156E1305
2156F1305
3156G1305
4156H1305

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase 1, mitochondrial / 3-oxoacid-CoA transferase 1 / Somatic-type succinyl-CoA:3-oxoacid CoA-transferase / SCOT-s


分子量: 53340.055 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 40-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: OXCT, OXCT1, SCOT / プラスミド: pET-42b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q29551, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 100 mM TrisHCl, potassium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月30日
詳細: Crystal type Si(111), Mirrors M1: plane parabola Pt and Rh-coated Invar steel M2: torroid (2:1 demagnification) Pt and Rh-coated Si
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→21.2 Å / Num. all: 149078 / Num. obs: 149078 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 19645 / % possible all: 82.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2NRB

2nrb


解像度: 2.3→21.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 10.804 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27339 7517 5 %RANDOM
Rwork0.24523 ---
all0.24665 149072 --
obs0.24665 149072 91.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å2-1.27 Å21.12 Å2
2--5.73 Å21.39 Å2
3----3.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→21.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28269 0 195 440 28904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02228937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9331.98339088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.759348330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.40753694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78424.8411167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.886155180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1215145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.24446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02131947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.151.518301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3011.57645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.983229374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.11310636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.884.59714
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3020LOOSE POSITIONAL0.020.05
12B3020LOOSE POSITIONAL0.020.05
13C3020LOOSE POSITIONAL0.020.05
14D3020LOOSE POSITIONAL0.020.05
15E3020LOOSE POSITIONAL0.010.05
16F3020LOOSE POSITIONAL0.020.05
17G3020LOOSE POSITIONAL0.020.05
18H3020LOOSE POSITIONAL0.010.05
11A3020LOOSE THERMAL7.6420
12B3020LOOSE THERMAL4.2620
13C3020LOOSE THERMAL3.6420
14D3020LOOSE THERMAL4.2920
15E3020LOOSE THERMAL3.420
16F3020LOOSE THERMAL4.4520
17G3020LOOSE THERMAL5.1720
18H3020LOOSE THERMAL10.9420
21A2787LOOSE POSITIONAL0.020.05
22B2787LOOSE POSITIONAL0.010.05
23C2787LOOSE POSITIONAL0.020.05
24D2787LOOSE POSITIONAL0.010.05
21A2787LOOSE THERMAL5.8820
22B2787LOOSE THERMAL2.4820
23C2787LOOSE THERMAL3.1820
24D2787LOOSE THERMAL6.0820
31E2621LOOSE POSITIONAL0.010.05
32F2621LOOSE POSITIONAL0.010.05
33G2621LOOSE POSITIONAL0.010.05
34H2621LOOSE POSITIONAL0.010.05
31E2621LOOSE THERMAL4.4420
32F2621LOOSE THERMAL5.3720
33G2621LOOSE THERMAL3.7120
34H2621LOOSE THERMAL8.4420
41E59LOOSE POSITIONAL0.010.05
42G59LOOSE POSITIONAL0.010.05
43H59LOOSE POSITIONAL0.010.05
41E59LOOSE THERMAL1.4120
42G59LOOSE THERMAL2.4720
43H59LOOSE THERMAL3.2820
51E70LOOSE POSITIONAL0.010.05
52F70LOOSE POSITIONAL0.010.05
53G70LOOSE POSITIONAL0.010.05
54H70LOOSE POSITIONAL0.010.05
51E70LOOSE THERMAL4.5120
52F70LOOSE THERMAL3.3820
53G70LOOSE THERMAL8.120
54H70LOOSE THERMAL13.1820
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 478 -
Rwork0.352 8825 -
obs-9303 79.34 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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