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- PDB-3osg: The structure of protozoan parasite Trichomonas vaginalis Myb2 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3osg
タイトルThe structure of protozoan parasite Trichomonas vaginalis Myb2 in complex with MRE-1-12 DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'
  • MYB21
キーワードtranscription/DNA / transcription-DNA complex / Myb2 / R2R3 Domain / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) / transcription factor (転写因子) / Nucleus (Nucleus)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Myb-like domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / MYB21
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Jiang, I. / Tsai, C.K. / Chen, S.C. / Wang, S.H. / Amiraslanov, I. / Chang, C.F. / Wu, W.J. / Tai, J.H. / Liaw, Y.C. / Huang, T.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular basis of the recognition of the ap65-1 gene transcription promoter elements by a Myb protein from the protozoan parasite Trichomonas vaginalis.
著者: Jiang, I. / Tsai, C.K. / Chen, S.C. / Wang, S.H. / Amiraslanov, I. / Chang, C.F. / Wu, W.J. / Tai, J.H. / Liaw, Y.C. / Huang, T.H.
履歴
登録2010年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYB21
B: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'
D: MYB21
E: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4126
ポリマ－44,4126
非ポリマー00
水5,405300
1
A: MYB21
B: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
C: 5'-D(*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2063
ポリマ－22,2063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9590 Å2
手法PISA
2
D: MYB21
E: 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2063
ポリマ－22,2063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.115, 127.532, 41.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYB21 / Myb-like DNA-binding domain containing protein


分子量: 14885.064 Da / 分子数: 2 / 断片: Myb2 R2R3 Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_211210 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(de3) / 参照: UniProt: Q58HP3
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*GP*TP*TP*AP*T)-3' / MRE-2f


分子量: 3660.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*AP*AP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3' / MRE-2f


分子量: 3660.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 1.5-1.7M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月6日
放射モノクロメーター: LN2-cooled fixed-exit double crystl Si(111) monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→30 Å / Num. all: 27657 / Num. obs: 26911 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2-2.07193.7
2.07-2.15195.3
2.15-2.25195.7
2.25-2.37197.6
2.37-2.52198.9
2.52-2.71199.2
2.71-2.99199.2
2.99-3.42197.9
3.42-4.31197.4
4.31-30197.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.997→24.193 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 1293 4.97 %RANDOM
Rwork0.1905 ---
all0.1928 27657 --
obs0.1928 26024 93.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.221 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.2183 Å20 Å20.0687 Å2
2--7.6964 Å20 Å2
3---2.5218 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→24.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 972 0 300 3034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4074111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4641139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005358
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9973-2.07720.32261280.2388233980
2.0772-2.17170.25531280.2237257488
2.1717-2.28610.2991250.2141267391
2.2861-2.42920.30291410.2229279395
2.4292-2.61650.27981580.2167285097
2.6165-2.87950.26631450.214289599
2.8795-3.29520.26721470.2107286698
3.2952-4.14820.21091520.1542286197
4.1482-24.19510.17471690.1596288098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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