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- PDB-3qwg: Crystal structure of EspRdelta10, C-terminal 10 amino acids delet... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qwg | ||||||
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Title | Crystal structure of EspRdelta10, C-terminal 10 amino acids deletion mutant of EspR transcription factor from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | ESX-1 secretion-associated regulator EspR | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() response to host immune response / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blasco, B. / Pojer, F. / Cole, S.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Atypical DNA recognition mechanism used by the EspR virulence regulator of Mycobacterium tuberculosis. Authors: Blasco, B. / Stenta, M. / Alonso-Sarduy, L. / Dietler, G. / Peraro, M.D. / Cole, S.T. / Pojer, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 88.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 67.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3qf3SC ![]() 3qyxC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13628.368 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 2-122 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.9 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 20% PEG 4000, 100mM Tris-HCl, 200 mM LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.99→44.86 Å / Num. obs: 24707 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.83 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.11 Å / Redundancy: 3.02 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 3522 / % possible all: 82.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 3QF3 Resolution: 1.992→44.86 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 2 / Phase error: 19.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.627 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.992→44.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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