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- PDB-3opq: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase with fructose-6-phosphat... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3opq | ||||||
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Title | Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase with fructose-6-phosphate bound to the central channel of the octameric protein structure. | ||||||
![]() | Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase with fructose-6-phosphate bound to the central channel of the octameric protein structure. Authors: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 489.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 426.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 17542.129 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: FTT_0896, purE / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5NGE9, ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 510 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/F6R.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/F6R.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PO4 / ![]() #3: Chemical | ChemComp-FMT / ![]() #4: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #5: Chemical | ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.25 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / pH: 8.5 Details: 0.2 M NH4 dihydrogen PO4, 0.1 M Tris, 2% Tacsimate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2010 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→30 Å / Num. obs: 142585 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 10.81 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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