[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3oow: Octameric structure of the phosphoribosylaminoimidazole carboxyla... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oow | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Octameric structure of the phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4. | ||||||
Components | Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase,catalytic subunit | ||||||
Keywords | LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase / Catalytic subunit / purE / Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / lyase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, F.W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Octameric structure of the phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4. Authors: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, F.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3oow.cif.gz | 495.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3oow.ent.gz | 415 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3oow.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/3oow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/3oow | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3opqS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 17814.391 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) Gene: FTT_0896, purE / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL References: UniProt: Q5NGE9, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 593 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 36.08 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M NH4 Dihydrogen PO4, 0.1 M Tris, 6% MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.75145 Å |
Detector | Type: MAR CCD / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2010 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI-111 CHANNEL / Protocol: MOLECULAR REPLACEMENT / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.75145 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→30 Å / Num. all: 110138 / Num. obs: 110138 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.54 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 5387 / % possible all: 98.8 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: PDB entry 3OPQ Resolution: 1.75→77.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.218 / SU ML: 0.075 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.115 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.705 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→77.09 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|