+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ycj | ||||||
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Title | Structure of Acetobacter aceti PurE Y154F | ||||||
Components | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acetobacter aceti 1023 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.845 Å | ||||||
Authors | Kappock, T.J. / Sullivan, K.L. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE Authors: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ycj.cif.gz | 141.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ycj.ent.gz | 111.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ycj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4ycj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ycbSC 4yccC 4ycdC 5clfC 5clgC 5clhC 5cliC 5cljC 5ctjC 5cvtC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18866.711 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y154F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetobacter aceti 1023 (bacteria) / Gene: purE, AZ09_02690 / Plasmid: pET23a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9785 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2012 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.842→50 Å / Num. obs: 36064 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 44.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4YCB CHAIN A Resolution: 1.845→32.598 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.845→32.598 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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