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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ohw | ||||||
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タイトル | X-Ray Structure of Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide (fragment 721-860) from Synechocystis sp. PCC 6803, Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR209E | ||||||
要素 | Phycobilisome LCM core-membrane linker polypeptide | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 付加脱離酵素(リアーゼ) / フィコビリソーム / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A. / Su, M. / Lew, S. / Vorobiev, S.M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Su, M. / Lew, S. / Vorobiev, S.M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR209E 著者: Kuzin, A. / Su, M. / Lew, S. / Vorobiev, S.M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ohw.cif.gz | 107.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ohw.ent.gz | 88.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ohw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3ohw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/3ohw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17311.059 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 711-858 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: apcE, slr0335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q55544 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: macrobatch under oik / pH: 7 詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution:tryptone 1% (w/v), HEPES sodium 0.05M, PEG3350 20% (w/v), macrobatch under oik, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 15697 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 10.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→27.753 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.816 / SU ML: 0.39 / σ(F): 5.81 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 17.948 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 186.68 Å2 / Biso mean: 27.447 Å2 / Biso min: 2.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→27.753 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.6927 Å / Origin y: 1.4943 Å / Origin z: 17.0359 Å
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精密化 TLSグループ |
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