+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v53 | ||||||
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Title | Crystal structure of human RBM25 | ||||||
Components | RNA-binding protein 25 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / PWI / RNA-binding domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing / mRNA processing / regulation of apoptotic process / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Gong, D.S. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2013 Title: Crystal structure and functional characterization of the human RBM25 PWI domain and its flanking basic region Authors: Gong, D.S. / Yang, F. / Li, F. / Qian, D. / Wu, M. / Shao, Z. / Wu, M. / Wu, J. / Shi, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v53.cif.gz | 218.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v53.ent.gz | 179.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v53.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v53 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13996.522 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 734-843 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RBM25 / Plasmid: p28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P49756 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.65 Details: pH 5.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9793 Å |
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Detector | Date: Jun 2, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. all: 15818 / Num. obs: 15818 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.9→49.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 43.911 / SU ML: 0.383 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.47 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81.653 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→49.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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