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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o4a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Symfoil-2: de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure | ||||||
要素 | de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / beta-trefoil | ||||||
機能・相同性 | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, J. / Blaber, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Experimental support for the evolution of symmetric protein architecture from a simple peptide motif. 著者: Lee, J. / Blaber, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o4a.cif.gz | 128.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o4a.ent.gz | 103.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o4a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/3o4a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15785.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence adopts a beta-trefoil architecture with ...詳細: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with a symmetric deconstruction method. The protein produced by this sequence adopts a beta-trefoil architecture with symmetric primary structure 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-TRS / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.07 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris, 15mg/mL protein concentration, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 79285 / Num. obs: 73170 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 14.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 34.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3797 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→45.414 Å / SU ML: 1.21 / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.653 Å2 / ksol: 0.407 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.414 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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