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- PDB-3no6: Crystal structure of a putative thiaminase II (SE1693) from Staph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3no6
タイトルCrystal structure of a putative thiaminase II (SE1693) from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 at 1.65 A resolution
要素Transcriptional activator TenA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / PUTATIVE THIAMINASE-2 (チアミナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopyrimidine aminohydrolase / thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Thiaminase II / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / イミダゾール / Aminopyrimidine aminohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative thiaminase II (SE1693) from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 at 1.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator TenA
B: Transcriptional activator TenA
C: Transcriptional activator TenA
D: Transcriptional activator TenA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,13525
ポリマ－119,2274
非ポリマー1,90821
水14,052780
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14500 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area36080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.155, 92.713, 165.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Transcriptional activator TenA / Putative thiaminase-2 / Thiaminase II


分子量: 29806.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: tenA, SE_1693 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8CNK1, aminopyrimidine aminohydrolase

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非ポリマー , 6種, 801分子

#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.2545.35THE STRUCTURE WAS PHASED BY MAD METHOD AT 2.0 A RESOLUTION AND REFINED AT 1.65 A RESOLUTION AGAINST A DATASET COLLECTED FROM A DIFFERENT CRYSTAL.
2
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 24.8000% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2000M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate - citric acid pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-211
シンクロトロンSSRL BL11-120.91837,0.97947
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2010年3月12日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2010年2月11日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromatorMADMx-ray1
2Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.918371
30.979471
反射解像度: 1.65→29.867 Å / Num. obs: 129347 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.666 Å2 / Rsym value: 0.069

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0110精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→29.867 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU B: 3.513 / SU ML: 0.059 / SU Rfree: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.085
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. ACETATE (ACT), IMIDAZOLE (IMD), (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD), SULFATE (SO4) MOLECULES FROM THE PURIFICATION AND CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 6507 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.167 129279 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.81 Å2 / Biso mean: 27.898 Å2 / Biso min: 14.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7431 0 129 780 8340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0228177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.95711111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.288313545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.40951017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35124.539423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.565151442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.941541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.54803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2371.51897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47827775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42333374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8834.53292
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 479 -
Rwork0.244 8867 -
all-9346 -
obs--98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6380.0228-0.12890.6017-0.21740.8176-0.03810.0015-0.00890.0068-0.0142-0.0058-0.0104-0.03460.05220.0283-0.0218-0.00660.0239-0.00590.04457.73914.57968.472
20.101-0.0590.27321.59851.11141.8577-0.00960.013-0.03050.18250.00640.11640.23180.0620.00320.1619-0.04480.05330.1277-0.00830.131454.529-15.9168.606
30.75110.0054-0.22510.68040.30420.943-0.0029-0.075-0.02830.0306-0.03870.01690.0092-0.00260.04170.03290.0239-0.00810.03980.01310.039946.88513.732106.7
40.4566-0.4010.4541.2326-0.9691.47010.06910.05580.0482-0.1072-0.1409-0.12530.08480.07820.07180.02860.03720.02620.05530.03770.044363.558-12.745107.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-7 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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