PDB-3nje: Structure of the Minor Pseudopilin XcpW from the Pseudomonas aeru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nje

タイトル

Structure of the Minor Pseudopilin XcpW from the Pseudomonas aeruginosa Type II Secretion System

要素

General secretion pathway protein J

キーワード

PROTEIN TRANSPORT /

Type II secretion / Pseudopilin / minor pilin / pilin fold /

secretion (分泌) / XcpU / XcpV / XcpX

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type II secretion system /

type II protein secretion system complex /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Franz, L.P. / Dyer, D.H. / Voulhoux, R. / Forest, K.T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of the minor pseudopilin XcpW from the Pseudomonas aeruginosa type II secretion system.
著者: Franz, L.P. / Douzi, B. / Durand, E. / Dyer, D.H. / Voulhoux, R. / Forest, K.T.

履歴

登録	2010年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nje.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nje.ent.gz	62.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3nje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/3nje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ci0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2yop-2 5v7w-2 5v7w-1 5l20-1 1irl-d 1b2p-d 2dm0-d 3ebr-d 6eib-2 3gey-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

A: General secretion pathway protein J

B: General secretion pathway protein J

48.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: General secretion pathway protein J

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: General secretion pathway protein J

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.718, 82.911, 57.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	General secretion pathway protein J / PilD-dependent protein pddD / xcpW 分子量: 24201.885 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: xcpW, pddD / プラスミド: pETG-20A-WJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q00517
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

General secretion pathway protein J / PilD-dependent protein pddD / xcpW

分子量: 24201.885 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: xcpW, pddD / プラスミド: pETG-20A-WJ / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q00517

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 15mM KCl, 7.5% PEG 8000, 0.1M ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 30798 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.8 Å² / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 35.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1550 / R_sym value: 0.351 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3CI0

3ci0

解像度: 1.85→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 6.111 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2304	1545	5 %	RANDOM
R_work	0.1944	-	-	-
obs	0.19631	29187	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	1.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.136 Å	0.147 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2668	0	0	193	2861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.946	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.301	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.574	22.658	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.556	15	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.648	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.728	1.5	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.367	2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.926	3	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.21	4.5	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	89	-
R_work	0.224	2161	-
obs	-	-	98.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.5784	-9.5622	-4.9676	10.978	2.6963	3.0545	-0.0691	-0.1906	-0.6675	0.1119	-0.1208	0.2689	0.3992	0.043	0.1899	0.2161	-0.0091	-0.0277	0.0292	0.0236	0.0956	34.0584	1.6028	26.5814
2	8.6766	-3.1325	0.0535	3.6189	0.4719	2.8816	-0.0196	0.1564	-0.3643	0.1133	-0.1847	0.3562	0.1752	-0.2319	0.2044	0.0372	-0.0286	0.0299	0.033	-0.028	0.068	16.2934	14.8159	29.4628
3	0.2152	-0.6661	-0.7838	2.1927	2.3561	3.3308	0.0141	-0.0099	0.0481	0.1152	-0.0438	-0.0904	-0.1709	0.1318	0.0298	0.1969	-0.0372	-0.0092	0.1317	-0.054	0.1804	18.7688	29.9082	37.9579
4	8.4548	0.4929	-2.4951	4.0872	-0.5582	6.5016	-0.2021	-0.4885	-0.065	0.0149	-0.0203	-0.0829	0.0126	0.3092	0.2225	0.0138	0.016	-0.002	0.0523	-0.0129	0.0376	22.621	20.9979	32.6604
5	2.6696	-0.5198	-0.0103	1.8199	0.4591	2.312	-0.0916	-0.2493	0.1625	0.0968	0.0794	0.0506	-0.1364	0.0036	0.0122	0.0218	0.0023	0.0066	0.0477	-0.0188	0.053	24.6453	20.9675	31.6684
6	3.8998	-0.8409	-0.2295	1.1828	0.4775	1.9572	0.0174	0.2414	0.0769	-0.0281	-0.0404	0.0695	-0.0762	-0.1377	0.023	0.0101	-0.0006	-0.001	0.0378	-0.0103	0.0425	20.1534	20.1203	23.3226
7	16.3802	-3.3338	-12.7405	19.3544	6.1178	20.7927	-0.3673	1.2752	-1.2013	-0.9734	-0.3875	-1.5081	1.0933	1.1821	0.7548	0.3338	0.1234	0.0722	0.6036	-0.0166	0.3625	34.4263	37.747	37.2192
8	2.8196	-0.0657	-0.3927	1.9331	0.5294	3.2021	-0.0074	-0.1896	-0.1551	0.2026	-0.0032	0.0373	0.2308	-0.2126	0.0107	0.0617	-0.0476	-0.0102	0.069	0.0235	0.0293	17.1352	42.8439	56.3234
9	1.2879	-0.8633	-0.2625	1.1092	0.7567	1.6236	0.0367	-0.2104	-0.3144	0.1547	-0.0766	0.0513	0.3316	-0.0694	0.0399	0.1636	-0.0714	-0.0172	0.1682	0.1013	0.1906	20.6449	37.9174	56.0567
10	4.3507	0.9831	-1.1176	1.5072	-0.2211	1.8537	-0.0783	0.035	-0.3139	-0.0668	0.0717	-0.2548	0.3124	0.1861	0.0066	0.0673	0.0138	-0.0173	0.1004	0.0217	0.0848	33.6634	43.0303	48.8311
11	2.6869	0.7697	-1.1899	1.4435	-1.2024	5.6826	0.1209	-0.0607	0.4166	0.1761	0.0145	0.1377	-0.5289	-0.4754	-0.1354	0.0558	0.0313	0.0202	0.0823	-0.0296	0.0725	16.5721	56.9388	58.0831
12	7.4868	0.0035	-1.9765	0.5265	-0.3084	1.8642	0.0069	0.2634	0.0556	-0.1144	-0.02	0.0024	0.118	-0.0706	0.0131	0.0281	-0.0029	0.001	0.0803	0.0166	0.0192	23.1232	49.9901	45.8013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	84 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	110 - 166
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	167 - 206
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	43 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	51 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	81 - 138
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	139 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	150 - 179
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	180 - 206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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