+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m6w | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus in space group P21212 in complex with S-Adenosyl-L-Methionine | ||||||
要素 | rRNA methylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / rRNA methyltransferase / 5-methylcytidine / RsmF / AdoMet (S-アデノシルメチオニン) / multi-specific / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (cytosine1407-C5)-methyltransferase / RNA methyltransferase activity / メチル化 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / rRNA processing / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Demirci, H. / Larsen, H.G.L. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2010 タイトル: Multi-site-specific 16S rRNA methyltransferase RsmF from Thermus thermophilus. 著者: Demirci, H. / Larsen, L.H. / Hansen, T. / Rasmussen, A. / Cadambi, A. / Gregory, S.T. / Kirpekar, F. / Jogl, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m6w.cif.gz | 210.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3m6w.ent.gz | 163.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/3m6w | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50922.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RsmF minus 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1387 / プラスミド: pLJ102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CP79 参照: UniProt: Q5SII2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 10% w/v PEG1000, 200 mM NaCl and 100 mM TRIS-HCl (pH8.5), microbatch under oil, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日 詳細: Slits: Variable vertical and fixed horizontal slits. Mirror: Mirror system consisting of two vertically stacked, fused silica, spherical mirrors, to provide vertical focusing and harmonic ...詳細: Slits: Variable vertical and fixed horizontal slits. Mirror: Mirror system consisting of two vertically stacked, fused silica, spherical mirrors, to provide vertical focusing and harmonic rejection. One of the mirrors is rhodium coated and the other is uncoated. Located ~19.7 m from source. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m ...モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source and ~6 m from sample position. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 5.2 % / Av σ(I) over netI: 24.3 / 数: 633624 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.02 / D res high: 1.29 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 121660 / % possible obs: 95.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.29→30 Å / Num. obs: 121660 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 12.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3M6U 解像度: 1.3→29.597 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.893 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.56 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.211 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.79 Å2 / Biso mean: 19.302 Å2 / Biso min: 7.47 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→29.597 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|