PDB-3lsh: Pyranose 2-oxidase T169A, monoclinic

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lsh

タイトル

Pyranose 2-oxidase T169A, monoclinic

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GMC oxidoreductase / T169A mutant /

Rossmann fold (ロスマンフォールド) / PHBH fold /

homotetramer / non-covalent FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

ピラノースオキシダーゼ /

pyranose oxidase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

flavin adenine dinucleotide binding /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Divne, C. / Tan, T.C. / Spadiut, O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: H-bonding and positive charge at the N5/O4 locus are critical for covalent flavin attachment in trametes pyranose 2-oxidase.
著者: Tan, T.C. / Pitsawong, W. / Wongnate, T. / Spadiut, O. / Haltrich, D. / Chaiyen, P. / Divne, C.

履歴

登録	2010年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lsh.cif.gz	927.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lsh.ent.gz	771.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/3lsh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3lsiC 3lskC 3lsmC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

C: Pyranose 2-oxidase

D: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

281 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.403, 102.731, 137.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 69383.758 Da / 分子数: 4 / 断片: Pyranose 2-oxidase / 変異: T169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: PET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, ピラノースオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 5.2 詳細: 0.1M MES, 50MM MgCl2, 10% (W/V)% monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03908
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→28.5 Å / Num. obs: 217370 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.566 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
FFT		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0066	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
FFT		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→28.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 8.351 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	3217	1.5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.195	214152	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	0 Å²	-0.29 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18135	0	224	1818	20177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	18844
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	16364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.968	1.961	25634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	38258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.206	5	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.348	24.477	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.689	15	3025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.101	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	20935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.099	1.5	11498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.347	1.5	4614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.844	2	18683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.871	3	7346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.451	4.5	6951
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	458	-
R_work	0.354	30933	-
obs	-	-	98.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3264	0.0537	0.1456	0.2972	0.0548	0.0826	0.003	-0.0286	0.0009	0.015	0.0298	-0.0621	0.0157	-0.0243	-0.0329	0.091	0.0016	0.0167	0.1146	-0.0169	0.1015	17.655	46.261	128.183
2	0.6315	-0.0575	-0.1603	0.3358	0.159	0.3684	-0.0574	-0.0338	0.0433	0.0589	0.06	-0.1181	-0.0033	0.0622	-0.0026	0.0671	-0.0022	-0.0142	0.0869	-0.027	0.1389	35.941	53.805	133.944
3	0.896	-0.029	0.0374	1.1117	0.2862	1.0867	-0.0399	-0.0693	0.1104	0.0041	-0.0115	0.1459	-0.1296	-0.1759	0.0514	0.076	0.0368	0.0076	0.1086	-0.0573	0.1472	10.683	62.348	133.997
4	1.6056	-0.6019	0.3336	1.5622	0.3828	0.9209	0.0517	0.0397	-0.2083	0.057	0.1491	-0.2659	0.152	0.1914	-0.2009	0.0377	0.0054	-0.0044	0.1199	-0.078	0.2094	49.965	36.808	118.595
5	0.3361	-0.0647	-0.0934	0.4138	0.1995	0.4545	-0.0084	0.0106	0.0852	-0.0054	0.0329	-0.0408	-0.0657	0.0098	-0.0246	0.065	-0.0055	0.0122	0.076	-0.0216	0.1198	26.692	59.266	123.68
6	0.1329	0.0527	-0.0434	0.2152	0.0159	0.1896	0.0259	0.0056	-0.0144	0.0158	0.0065	-0.0492	-0.021	0.0327	-0.0323	0.0625	0.0056	-0.0053	0.1013	0.0048	0.1068	27.443	23.867	129.594
7	0.6471	-0.1608	0.1961	0.3927	-0.118	0.3482	-0.0342	-0.0591	-0.04	0.063	0.0322	0.034	0.0129	-0.0542	0.002	0.0837	-0.0062	0.0207	0.1011	0.0152	0.0906	9.669	17.668	137.956
8	1.3262	-0.0552	0.0262	1.1722	-0.2793	1.1041	0.0288	0.003	-0.046	0.0148	-0.045	-0.2023	0.1285	0.1445	0.0162	0.0641	0.0266	-0.0171	0.1109	0.0325	0.1473	35.274	8.823	137.803
9	0.9981	-0.8354	-0.0071	1.1745	-0.1136	0.4141	0.0229	-0.0137	0.0681	-0.0316	0.0366	0.013	-0.0491	-0.0753	-0.0594	0.0846	-0.0034	0.0075	0.1185	0.0206	0.0909	-3.941	31.19	120.691
10	0.3487	-0.0654	0.2208	0.3384	-0.172	0.5674	0.0431	0.0113	-0.0917	-0.0091	-0.0033	-0.0294	0.0667	0.0468	-0.0398	0.0673	0.0029	-0.0013	0.0868	0.0028	0.0994	19.366	8.592	129
11	0.1642	-0.0017	0.1521	0.267	0.0796	0.1702	0.0112	0.0508	-0.0114	-0.1973	0.0198	-0.0529	-0.0493	0.0676	-0.031	0.1775	-0.0161	0.0219	0.1014	0.0011	0.03	9.728	37.121	80.514
12	0.235	-0.1593	0.193	0.5419	-0.1983	1.0956	0.0731	0.0419	-0.0758	-0.2405	-0.0342	0.0737	0.1192	-0.022	-0.0389	0.1778	-0.0131	-0.0343	0.0712	-0.0263	0.0291	0.42	19.517	74.892
13	0.335	-0.0799	0.1637	0.9864	-0.0061	0.7886	-0.0329	0.0562	0.0078	-0.1444	0.0359	-0.0778	-0.0249	-0.0169	-0.0029	0.2192	-0.0252	0.0085	0.2005	-0.0229	0.1292	5.012	23.687	82.739
14	2.0861	-1.196	0.539	1.175	-0.0642	0.656	0.0689	0.1015	-0.096	-0.2018	-0.0216	-0.0564	0.08	0.0924	-0.0473	0.1574	-0.008	0.0141	0.1128	-0.0175	0.0573	13.556	10.405	90.318
15	0.1387	-0.1229	0.2346	0.404	-0.01	0.7717	-0.0035	0.0152	-0.0099	-0.1485	0.0121	0.057	-0.0628	-0.0998	-0.0087	0.1296	-0.0081	-0.0334	0.1136	0.0068	0.0401	-4.381	29.797	84.228
16	0.4223	0.1223	-0.1011	0.3639	-0.1347	0.2949	0.0063	0.1159	-0.0554	-0.2115	0.0212	-0.127	0.0403	0.0582	-0.0275	0.1647	0.0041	0.087	0.1357	-0.0641	0.0816	30.835	25.306	80.555
17	0.5911	-0.198	-0.0353	1.0317	0.1343	0.7635	0.0703	0.2851	0.0123	-0.4295	-0.1021	-0.2202	-0.0581	0.1302	0.0319	0.2449	-0.0139	0.1448	0.2501	-0.0185	0.0954	39.347	38.944	70.831
18	2.0404	-0.2429	0.1104	1.0583	0.1466	1.6526	0.0459	0.1663	-0.3119	-0.2484	-0.0571	-0.3363	0.2716	0.3134	0.0111	0.2198	0.0588	0.1844	0.2203	-0.0817	0.3008	48.002	17.458	76.204
19	1.4317	-0.7089	0.1888	1.3535	-0.0429	0.5635	-0.0886	0.1928	0.1049	-0.1605	0.0543	-0.0216	-0.175	0.0241	0.0344	0.1833	-0.0479	0.0513	0.1236	0.0323	0.0667	26.139	58.464	87.286
20	0.4149	-0.2793	-0.1001	1.0416	0.3794	0.9489	0.0053	0.1502	-0.0185	-0.2031	0.0292	-0.3019	0.0432	0.2372	-0.0345	0.1158	-0.0021	0.1368	0.196	-0.0443	0.1771	46.985	31.34	81.045

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	160 - 293
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	357 - 461
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	462 - 618
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	43 - 159
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	160 - 293
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	294 - 354
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	355 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	475 - 618
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	45 - 159
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	160 - 293
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	294 - 410
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	411 - 461
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	462 - 619
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	45 - 160
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	161 - 307
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	308 - 358
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	359 - 474
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	475 - 618

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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