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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lrb | |||||||||
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タイトル | Structure of E. coli AdiC | |||||||||
要素 | Arginine/agmatine antiporter | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質) / antiporter (アンチポート) / AdiC (アリティ) / Amino-acid transport / Antiport / Cell inner membrane / Cell membrane (細胞膜) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport | |||||||||
機能・相同性 | Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / antiporter activity / amino acid transport / identical protein binding / 細胞膜 / Arginine/agmatine antiporter 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao, X. / Lu, F. / Zhou, L. / Shi, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Structure and mechanism of an amino acid antiporter 著者: Gao, X. / Lu, F. / Zhou, L. / Dang, S. / Sun, L. / Li, X. / Wang, J. / Shi, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lrb.cif.gz | 321.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lrb.ent.gz | 267.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lrb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/3lrb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46869.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: adiC, Z5717, ECs5097 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60063 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.4% NG, 0.1mM Tris, 22% (w/v) PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K , temperature 291.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.61→50 Å / Num. obs: 16598 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 152.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | 解像度: 3.61→3.75 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.61→49.323 Å / SU ML: 0.58 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.94 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 188.562 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.61→49.323 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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