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- PDB-3lph: Crystal structure of the HIV-1 Rev dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lph
タイトルCrystal structure of the HIV-1 Rev dimer
要素Protein Rev
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Helix-loop-helix (塩基性ヘリックスループヘリックス) / RNA-binding Arginine Rich Motif / protein oligomerization / AIDS (後天性免疫不全症候群) / Host cytoplasm / Host nucleus / Host-virus interaction / mRNA transport / Phosphoprotein / RNA-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to nucleoplasm / host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #630 / Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
臭化物 / マロン酸 / Protein Rev
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD; MOLECULAR REPLACEMENT / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Daugherty, M.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for cooperative RNA binding and export complex assembly by HIV Rev.
著者: Daugherty, M.D. / Liu, B. / Frankel, A.D.
履歴
登録2010年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rev
B: Protein Rev
C: Protein Rev
D: Protein Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,18921
ポリマ－33,7544
非ポリマー1,43517
水1,06359
1
A: Protein Rev
B: Protein Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,83213
ポリマ－16,8772
非ポリマー95611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
2
C: Protein Rev
D: Protein Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3568
ポリマ－16,8772
非ポリマー4796
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.801, 115.801, 81.163
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-74-

BR

-
要素

#1: タンパク質
Protein Rev / Regulator of expression of viral proteins / Anti-repression transactivator / ART/TRS


分子量: 8438.456 Da / 分子数: 4
断片: Oligomerization and RNA-binding domains, residues 1-70
変異: L12S,L60R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: HXB3 / 遺伝子: rev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P69718
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 1.45-1.55 M (NH4)2SO4, 3% PEG1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月1日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: KOHZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 11594 / Num. obs: 11561 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 35.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXversion 1.5-2位相決定
精密化構造決定の手法: MAD; MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: An initial model was generated using MAD data sets. This lower resolution model was used for molecular replacement with the final native data set.

解像度: 2.5→47.136 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 540 4.9 %
Rwork0.2262 --
obs0.2279 11031 95.17 %
all-11594 -
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.076 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.315 Å20 Å20 Å2
2---2.315 Å2-0 Å2
3---4.629 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1868 0 37 59 1964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6772591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.175757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.75160.30281290.272376X-RAY DIFFRACTION89
2.7516-3.14970.27841250.25232577X-RAY DIFFRACTION95
3.1497-3.9680.24341440.1882668X-RAY DIFFRACTION98
3.968-47.1440.24641420.22112870X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0461-0.19870.19240.6544-0.79561.1456-0.0637-0.11040.0975-0.02890.2456-0.2053-0.2164-0.1096-0.12510.184-0.04110.03660.358-0.09230.2261-16.960440.11461.9113
21.2552-0.28750.75921.8690.42271.1294-0.1172-0.12380.36470.22240.5105-0.3129-0.0192-0.0378-0.23440.3513-0.01160.0860.48010.12080.312-28.243535.22238.6079
31.6981-0.5740.511.5242-0.17641.00020.20250.3801-0.0409-0.1855-0.0370.2025-0.3766-0.0673-0.02810.4243-0.18420.07590.3076-0.08860.2885-36.435828.7934-10.0082
42.4293-1.6895-1.24113.31410.43232.2646-0.3188-0.3367-0.01890.45030.7117-0.19140.0082-0.1341-0.14520.4278-0.12370.01080.25510.01570.3331-43.563917.8464-2.2036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:70)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 9:63)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 8:65)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 8:64)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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