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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lh2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV epitope-scaffold 4E10_1VI7A_S0_002_N 4E10 Fv complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / EPITOPE-SCAFFOLD | ||||||
機能・相同性 | Alpha-Beta Plaits - #240 / Alpha-Beta Plaits / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ARTIFICIAL GENE (人工物) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Holmes, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Computational Design of Epitope-Scaffolds Allows Induction of Antibodies Specific for a Poorly Immunogenic HIV Vaccine Epitope. 著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. ...著者: Correia, B.E. / Ban, Y.E. / Holmes, M.A. / Xu, H. / Ellingson, K. / Kraft, Z. / Carrico, C. / Boni, E. / Sather, D.N. / Zenobia, C. / Burke, K.Y. / Bradley-Hewitt, T. / Bruhn-Johannsen, J.F. / Kalyuzhniy, O. / Baker, D. / Strong, R.K. / Stamatatos, L. / Schief, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lh2.cif.gz | 231.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lh2.ent.gz | 186.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lh2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/3lh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/3lh2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8455.588 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The author states that THE EPITOPE-SCAFFOLD IS BASED on the ribosome recycling factor from Vibrio parahaemolyticus (PDB ID 1IS1). 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR #2: 抗体 | 分子量: 14712.454 Da / 分子数: 4 / Mutation: W104A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL #3: 抗体 | 分子量: 12304.698 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Na acetate, imidazole, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 107 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日 / 詳細: Rigaku Varimax HF |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→28.01 Å / Num. all: 49017 / Num. obs: 49017 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.88 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4883 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Computationally-derived model of the epitope-scaffold Fv complex, with the Fv based on PDB ID 1TZG. 解像度: 2.65→26.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 11.214 / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.578 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.111 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→26.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.647→2.715 Å / Total num. of bins used: 20
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