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Yorodumi- PDB-3l9v: Crystal Structure of Salmonella enterica serovar Typhimurium SrgA -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l9v | ||||||
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Title | Crystal Structure of Salmonella enterica serovar Typhimurium SrgA | ||||||
Components | Putative thiol-disulfide isomerase or thioredoxin | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / thioredoxin-fold / SrgA / thiol-disulfide oxidoreductase / Isomerase | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-disulfide reductase activity / isomerase activity / cell redox homeostasis / periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.151 Å | ||||||
Authors | Heras, B. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Guncar, G. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010 Title: Structural and functional characterization of three DsbA paralogues from Salmonella enterica serovar typhimurium Authors: Heras, B. / Totsika, M. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Guncar, G. / Achard, M.E.S. / Wells, T.J. / Argente, M.P. / McEwan, A.G. / Schembri, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3l9v.cif.gz | 241.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3l9v.ent.gz | 207.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3l9v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21480.438 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 32-217 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Strain: SL1344 / Gene: PSLT011, srgA / Plasmid: pETLIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21(de3)/plyss References: UniProt: Q04815*PLUS, protein disulfide-isomerase #2: Chemical | ChemComp-PE8 / | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-P6G / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE SEQUENCE OF THE ENTITY 100% MATCHES WITH DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT Q04612 (ORF3_HEVMY), UNP ...THE SEQUENCE OF THE ENTITY 100% MATCHES WITH DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT Q04612 (ORF3_HEVMY), UNP RESIDUES 32-217, BUT HAS THE DIFFERENT STRAIN OF SOURCE. THE N-TERMINAL RESIDUES SER-ASN-ALA BELONG TO EXPRESSION | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.45M sodium malonate, 0.5% (w/v) Jeffamine ED-2001, 100mM HEPES pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.956661 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2008 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Double Si with sagittaly bent second crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.956661 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. all: 67898 / Num. obs: 67898 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 15.5 % / Biso Wilson estimate: 38.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.065 / Net I/σ(I): 15.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Redundancy: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.63 / Num. unique all: 3314 / Χ2: 1.1 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.151→36.477 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.799 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 82.446 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 183.54 Å2 / Biso mean: 48.594 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.151→36.477 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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