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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m6z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of reduced recombinant cytochrome c4 from Pseudomonas stutzeri | ||||||
要素 | Cytochrome c4 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / diheme protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Noergaard, A. / Harris, P. / Larsen, S. / Christensen, H.E.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural comparison of recombinant Pseudomonas stutzeri cytochrome c4 in two oxidation states 著者: Noergaard, A. / Harris, P. / Larsen, S. / Christensen, H.E.M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic investigations of cytochrome c4 from Pseudomonas stutzeri 著者: Kadziola, A. / Larsen, S. / Christensen, H.M. / Karlsson, J.-J. / Ulstrup, J. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Crystal structure of the dihaem cytochrome c4 from Pseudomonas stutzeri determined at 2.2 A resolution 著者: Kadziola, A. / Larsen, S. #3: ジャーナル: HANDBOOK OF METALLOPROTEINS / 年: 2001 タイトル: Cytochrome c4 著者: Andersen, N.H. / Christensen, H.E.M. / Iversen, G. / Noergaard, A. / Scharnagl, C. / Thuesen, M.H. / Ulstrup, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m6z.cif.gz | 335.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m6z.ent.gz | 274.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m6z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/1m6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m6/1m6z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19700.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (シュードモナス・スタッツェリ) プラスミド: pNM185 発現宿主: Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 株 (発現宿主): PaW340 / 参照: UniProt: Q52369 #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, 30%(w/v) PEG 4000, 5%(v/v) glycerol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0326 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月26日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0326 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 144067 / Num. obs: 142653 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1ETP 解像度: 1.35→30 Å / Num. parameters: 59868 / Num. restraintsaints: 87330 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Anisotropic refinement. Riding H-atoms introduced.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 24 / Occupancy sum hydrogen: 5369.27 / Occupancy sum non hydrogen: 6570.54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
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拘束条件 |
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