PDB-3l9k: Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain-li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l9k

タイトル

Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain-light chain roadblock structure

要素

Dynein intermediate chain, cytosolic
RE64145p

キーワード

MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) /

dynein (ダイニン) / intermediate chain / IC / LC7 /

light chain 7 / km23 /

roadblock /

Hydrolase (加水分解酵素) /

Lysosome (リソソーム) /

Membrane (生体膜) /

Microtubule (微小管) /

Nucleus (Nucleus) /

WD repeat (WD40リピート)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellularization /

axonemal dynein complex / eye photoreceptor cell differentiation / mushroom body development / Aggrephagy / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / transport along microtubule / sperm individualization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Hall, J. / Karplus, P.A. / Barbar, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain-light chain roadblock structure
著者: Hall, J. / Karplus, P.A. / Barbar, E.

履歴

登録	2010年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年9月18日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l9k.cif.gz	217.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l9k.ent.gz	179.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l9k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hz5S 3l7h S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6rsl-2 6h5b-3 2hgv-d 6rsl-1 2wdo-d 6syc-2 1wi2-d 4gdz-d 3kh9-d 1zo0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RE64145p

B: RE64145p

C: RE64145p

D: RE64145p

W: Dynein intermediate chain, cytosolic

X: Dynein intermediate chain, cytosolic

Y: Dynein intermediate chain, cytosolic

Z: Dynein intermediate chain, cytosolic

61.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: RE64145p

Y: Dynein intermediate chain, cytosolic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: RE64145p

Z: Dynein intermediate chain, cytosolic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: RE64145p

W: Dynein intermediate chain, cytosolic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.3 kDa, 2 ポリマー
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4

D: RE64145p

X: Dynein intermediate chain, cytosolic

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15.3 kDa, 2 ポリマー
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5

A: RE64145p

B: RE64145p

Y: Dynein intermediate chain, cytosolic

Z: Dynein intermediate chain, cytosolic

ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 4 ポリマー
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6

C: RE64145p

D: RE64145p

W: Dynein intermediate chain, cytosolic

X: Dynein intermediate chain, cytosolic

ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.180, 107.180, 65.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	A	A	3 - 96	3 - 96
2	1	GLN	GLN	B	B	3 - 96	3 - 96
1	2	GLN	GLN	A	A	3 - 96	3 - 96
2	2	GLN	GLN	C	C	3 - 96	3 - 96
1	3	GLN	GLN	A	A	3 - 96	3 - 96
2	3	GLN	GLN	D	D	3 - 96	3 - 96
1	4	GLN	GLN	B	B	3 - 96	3 - 96
2	4	GLN	GLN	C	C	3 - 96	3 - 96
1	5	GLN	GLN	B	B	3 - 96	3 - 96
2	5	GLN	GLN	D	D	3 - 96	3 - 96
1	6	GLN	GLN	C	C	3 - 96	3 - 96
2	6	GLN	GLN	D	D	3 - 96	3 - 96
1	7	LEU	LEU	W	E	221 - 258	1 - 38
2	7	LEU	LEU	X	F	221 - 258	1 - 38
1	8	LEU	LEU	W	E	221 - 258	1 - 38
2	8	LEU	LEU	Y	G	221 - 258	1 - 38
1	9	LEU	LEU	W	E	221 - 258	1 - 38
2	9	LEU	LEU	Z	H	221 - 258	1 - 38
1	10	LEU	LEU	X	F	221 - 258	1 - 38
2	10	LEU	LEU	Y	G	221 - 258	1 - 38
1	11	LEU	LEU	X	F	221 - 258	1 - 38
2	11	LEU	LEU	Z	H	221 - 258	1 - 38
1	12	LEU	LEU	Y	G	221 - 258	1 - 38
2	12	LEU	LEU	Z	H	221 - 258	1 - 38

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	RE64145p / Roadblock 分子量: 10837.399 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: robl, CG10751, Dmel_CG10751 / プラスミド: pET15Da / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7KMS3
#2: タンパク質・ペプチド	Dynein intermediate chain, cytosolic / DH IC / Cytoplasmic dynein intermediate chain / Protein short wing 分子量: 4488.108 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: sw, Cdic, Dic19B, CG18000 / プラスミド: pET15Da / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24246

#1: タンパク質

RE64145p / Roadblock

分子量: 10837.399 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: robl, CG10751, Dmel_CG10751 / プラスミド: pET15Da / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7KMS3

#2: タンパク質・ペプチド

Dynein intermediate chain, cytosolic / DH IC / Cytoplasmic dynein intermediate chain / Protein short wing

分子量: 4488.108 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: sw, Cdic, Dic19B, CG18000 / プラスミド: pET15Da / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q24246

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.24 %
結晶化	温度: 277.15 K / pH: 7 詳細: 1 M sodium citrate, 100 mM sodium chloride, 100 mM Tris., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 133.15 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月14日
放射	モノクロメーター: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→92.82 Å / Num. obs: 16845 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 3→3.15 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.402 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0101	精密化
HKL-2000		データ削減
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HZ5

2hz5

解像度: 3→92.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 30.714 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.146 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	923	4.9 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.228	16845	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→92.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4180	0	0	0	4180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	4151
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.962	5614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.222	5	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.06	24.583	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.542	15	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.082	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.486	1.5	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.074	2	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.822	3	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.701	4.5	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	710	tight positional	0.03	0.05
2	708	tight positional	0.04	0.05
3	710	tight positional	0.03	0.05
4	710	tight positional	0.03	0.05
5	714	tight positional	0.01	0.05
6	710	tight positional	0.03	0.05
7	314	tight positional	0.04	0.05
8	314	tight positional	0.04	0.05
9	314	tight positional	0.04	0.05
10	314	tight positional	0.01	0.05
11	314	tight positional	0.01	0.05
12	314	tight positional	0.01	0.05
1	710	tight thermal	0.03	0.5
2	708	tight thermal	0.03	0.5
3	710	tight thermal	0.03	0.5
4	710	tight thermal	0.03	0.5
5	714	tight thermal	0.03	0.5
6	710	tight thermal	0.03	0.5
7	314	tight thermal	0.02	0.5
8	314	tight thermal	0.02	0.5
9	314	tight thermal	0.02	0.5
10	314	tight thermal	0.02	0.5
11	314	tight thermal	0.02	0.5
12	314	tight thermal	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.019	2	-
R_work	0.521	82	-
obs	-	-	4.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8877	-0.5382	-0.8974	0.8837	1.8466	4.9936	0.1361	-0.1545	0.0531	0.0627	0.126	-0.0431	0.3484	0.6934	-0.2621	0.1737	0.0227	-0.0273	0.2859	-0.0135	0.1567	-15.3665	-27.2472	-9.5611
2	0.5777	0.337	1.266	2.4614	-2.0617	6.3351	0.0996	0.1087	-0.035	-0.135	0.189	0.1057	0.7188	-0.0339	-0.2886	0.2749	-0.0442	-0.0227	0.168	-0.0212	0.176	-22.2909	-31.2351	-29.2742
3	0.4113	0.1204	0.6113	3.6088	1.8519	6.1637	0.0684	-0.1173	-0.1066	0.169	0.1255	-0.2222	0.7671	0.1215	-0.1939	0.23	0.0478	-0.0249	0.165	0.0246	0.1973	22.3665	-31.2941	1.328
4	1.5443	1.1015	-0.8961	1.1493	-1.7202	5.8989	0.1559	0.1657	0.1337	-0.046	0.0849	0.1643	0.2616	-0.7191	-0.2408	0.1452	0.009	-0.0365	0.2808	0.0113	0.2007	15.3422	-27.2217	-18.3563
5	1.3659	-1.5517	-0.932	10.5415	-1.6272	1.8541	-0.1326	-0.4552	0.035	0.6737	0.0938	-0.7007	-0.0628	0.5868	0.0388	0.2721	0.096	-0.0988	0.3169	0.0392	0.1946	30.3877	-29.7186	6.0593
6	10.1895	4.2549	0.7703	2.7753	1.6348	1.5232	0.0073	0.771	0.5916	-0.4301	-0.01	0.2689	-0.4897	-0.2252	0.0028	0.2447	0.103	-0.1246	0.4072	0.0224	0.2299	12.6832	-19.5007	-23.1008
7	10.1909	-4.1851	1.1747	2.294	-1.2215	2.1915	-0.0777	-0.7284	0.6102	0.3749	0.0553	-0.3415	-0.598	0.2368	0.0224	0.2381	-0.1075	-0.0927	0.3543	-0.0289	0.2126	-12.6603	-19.4728	-4.8433
8	0.9642	1.1312	-0.7396	11.3799	2.1457	2.0385	-0.1072	0.3942	-0.0143	-0.6467	0.0493	0.686	-0.0206	-0.6962	0.0579	0.2554	-0.1252	-0.0734	0.3546	-0.023	0.2142	-30.365	-29.7113	-33.9869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	W	221 - 258
6	X-RAY DIFFRACTION	6	X	221 - 258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	Y	221 - 258
8	X-RAY DIFFRACTION	8	Z	221 - 258

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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