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- PDB-3l5i: Crystal structure of FnIII domains of human GP130 (Domains 4-6) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l5i
タイトルCrystal structure of FnIII domains of human GP130 (Domains 4-6)
要素Interleukin-6 receptor subunit beta
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Cytokine Receptor / Fibronectin Type III domain (フィブロネクチンIII型ドメイン) / Cell membrane (細胞膜) / Disulfide bond (ジスルフィド) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Membrane (生体膜) / Receptor / Secreted (分泌) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27 receptor activity / oncostatin-M receptor complex / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-6 receptor activity ...interleukin-27 receptor activity / oncostatin-M receptor complex / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / positive regulation of platelet aggregation / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine receptor activity / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / positive regulation of Notch signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cytokine binding / MAPK3 (ERK1) activation / growth factor binding / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / response to cytokine / cytokine-mediated signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / neuronal cell body / 樹状突起 / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kershaw, N.J. / Zhang, J.-G. / Garrett, T.P.J. / Czabotar, P.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the entire ectodomain of gp130: insights into the molecular assembly of the tall cytokine receptor complexes.
著者: Xu, Y. / Kershaw, N.J. / Luo, C.S. / Soo, P. / Pocock, M.J. / Czabotar, P.E. / Hilton, D.J. / Nicola, N.A. / Garrett, T.P. / Zhang, J.G.
履歴
登録2009年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年4月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,24721
ポリマ－33,0861
非ポリマー1,16220
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.565, 75.347, 107.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta / / IL-6R-beta / Interleukin-6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / CDw130 / ...IL-6R-beta / Interleukin-6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / CDw130 / Oncostatin-M receptor subunit alpha


分子量: 33085.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 323-612 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP130, IL6ST / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40189
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % / Mosaicity: 0.303 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, NaCl, Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9798, 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日
放射モノクロメーター: UNDULATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97981
20.95371
Reflection冗長度: 13.3 % / Av σ(I) over netI: 35.35 / 数: 310619 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 1.35 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 23379 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.315010010.0651.62312.8
3.424.3110010.0681.27813.4
2.993.4210010.0961.2614
2.712.9910010.1531.25114.2
2.522.7110010.2321.29114.4
2.372.5210010.321.33414.3
2.252.3710010.4251.36214.1
2.152.2510010.4921.39513.3
2.072.1599.910.5781.37212
22.0799.910.6571.32610.3
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 27333 / Num. obs: 27278 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.29 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Num. unique all: 2637 / Χ2: 1.032 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.753 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2132 7.85 %Random
Rwork0.181 ---
all0.181 27293 --
obs0.184 27159 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.315 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.38 Å2 / Biso mean: 29.23 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.91 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.513 Å20 Å2
3----0.397 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2269 0 71 204 2544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9723235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.901837
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9440.2231240.21554167895
1.944-1.9930.2521430.1911625176898
1.993-2.0470.2551380.17916421780100
2.047-2.1070.2321440.16316471791100
2.107-2.1750.2351380.16716531791100
2.175-2.2530.2411460.17116641810100
2.253-2.3430.2311360.1816551791100
2.343-2.450.231430.1816671810100
2.45-2.5790.2221370.17916491786100
2.579-2.740.2491470.17616761823100
2.74-2.9520.2361450.18316771822100
2.952-3.2490.2191400.17216761816100
3.249-3.7180.2181470.17317101857100
3.718-4.6830.1861480.16817211869100
4.683-38.7610.2051560.18518111967100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41930.4932-0.3242.5869-0.13651.4735-0.02980.0601-0.1098-0.00580.0478-0.0571-0.0349-0.020400.08980.0105-0.02850.1396-0.01930.132817.375561.836965.5941
21.55861.26210.872.85161.50771.08930.0602-0.0612-0.05540.0884-0.0188-0.10830.1399-0.05270.00010.1368-0.0019-0.00890.15520.02240.13936.752141.93262.038
30.8602-0.6137-1.15911.04680.78611.6560.0401-0.07920.03480.05870.0848-0.15240.03630.1033-00.20330.003-0.02540.16460.00370.1436.850716.04736.5243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 304:395)A304 - 395
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 405:494)A405 - 494
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 497:590)A497 - 590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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