PDB-3l0r: Crystal Structure of Salivary Cystatin from the Soft Tick Ornitho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l0r

タイトル

Crystal Structure of Salivary Cystatin from the Soft Tick Ornithodoros moubata

要素

Cystatin-2

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / soft tick /

cystatin /

Protease inhibitor (プロテアーゼ阻害剤) /

Thiol protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Ornithodoros moubata (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Brynda, J. / Andersen, J.F. / Salat, J. / Kovarova, Z. / Mares, M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and functional characterization of an immunomodulatory salivary cystatin from the soft tick Ornithodoros moubata
著者: Salat, J. / Paesen, G.C. / Rezacova, P. / Kotsyfakis, M. / Kovarova, Z. / Sanda, M. / Majtan, J. / Grunclova, L. / Horka, H. / Andersen, J.F. / Brynda, J. / Horn, M. / Nunn, M.A. / Kopacek, P. ...

履歴

登録	2009年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l0r.cif.gz	105.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l0r.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lh4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5o46-1 5xhe-d 4mr6-d 7nqi-d 4rmu-d 4z93-d 6duv-1 7jx7-d 5uvs-d 7nqj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cystatin-2

B: Cystatin-2

ヘテロ分子

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystatin-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cystatin-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.805, 69.805, 133.994
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-132- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 107 / Label seq-ID: 3 - 107

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Cystatin-2 / / OmC2 分子量: 13076.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ornithodoros moubata (ダニ) / 遺伝子: OmC2 / プラスミド: pBacPAK9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q6QD55
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.5M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 14369 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 53.4 Å² / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 27.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1285 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LH4

3lh4

解像度: 2.45→30.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 13.071 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22312	744	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1875	-	-	-
obs	0.18937	13588	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.15 Å² / B_iso mean: 39.921 Å² / B_iso min: 30.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	-0.52 Å²	0 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→30.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1698	0	20	112	1830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.942	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.102	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.682	25	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.687	15	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.203	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.145	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.042	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.471	1.5	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.796	2	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.316	3	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.053	4.5	646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 793 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.37	0.5
medium thermal	0.52	2

LS精密化シェル

解像度: 2.448→2.512 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	39	-
R_work	0.262	899	-
obs	-	899	88.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.745	12.9644	-16.0188	15.4315	-11.6603	29.7041	-0.5918	-0.6645	0.4191	0.8912	-1.1558	-1.6898	-0.1556	4.0086	1.7477	0.4397	0.0495	-0.0499	0.8912	0.0077	0.0834	-6.175	21.431	-27.87
2	9.6345	1.2795	-0.0272	2.8801	0.571	3.3665	-0.0907	-0.1986	-0.8408	-0.0031	-0.1088	-0.118	0.3378	0.1927	0.1995	0.2839	-0.0038	0.0209	0.2287	0.026	-0.003	-17.97	15.166	-39.167
3	6.4183	1.5277	-2.5692	3.1656	-0.1931	5.132	-0.1367	0.2503	-0.0967	0.2638	-0.1374	0.3642	-0.0041	-0.2557	0.2741	0.2181	-0.0498	-0.0039	0.3248	-0.0409	0.0785	-34.631	20.789	-39.607
4	4.3734	0.4127	4.2805	2.0752	-1.9883	21.0675	0.0734	0.0252	0.1134	0.021	0.045	-0.1007	-0.792	0.8042	-0.1183	0.2011	0.0015	0.045	0.2288	0.004	0.008	-14.123	20.519	-34.16
5	7.8686	0.0313	3.7599	2.5483	-0.1007	3.9588	0.0104	-0.0764	-0.4595	-0.1321	-0.0043	0.2932	0.3074	-0.3366	-0.0061	0.278	-0.053	0.0232	0.3053	-0.094	0.0134	-31.521	16.441	-40.471
6	4.3323	0.5239	-1.0821	4.629	-0.0024	0.2739	-0.2663	0.5893	0.3362	-0.4434	0.0156	0.2803	-0.4357	-0.1549	0.2507	0.261	-0.0602	-0.0102	0.4334	-0.0506	-0.0049	-27.408	23.051	-43.32
7	7.6456	5.3414	4.7754	7.1563	-4.4165	28.6555	-0.0795	0.4856	-0.5939	-0.0884	0.2591	0.4763	0.7097	-0.3882	-0.1797	0.3016	-0.0374	0.0938	0.2906	0.0126	0.0885	-20.118	10.702	-22.808
8	8.9758	-3.4939	5.923	21.0711	-7.654	21.8131	-0.2319	0.0148	0.7143	-0.0293	-0.1548	-0.245	-0.5309	-0.2318	0.3867	0.0766	-0.0168	0.0358	0.3546	-0.1236	-0.0038	-25.373	25.083	-33.678
9	15.901	2.8809	-5.3682	9.3442	-7.7433	12.2037	-0.066	-0.2809	-0.9102	-0.0432	-0.4804	-2.122	0.0967	1.3084	0.5463	0.29	0.0154	-0.0291	0.4648	-0.0451	0.3506	7.964	17.931	-11.567
10	13.2166	0.0084	-3.3207	5.3099	-1.6984	4.9238	-0.2703	-1.6687	-0.1637	0.5696	0.0515	-0.5221	-0.2945	0.5584	0.2189	0.2931	0.0248	-0.0316	0.3983	0.0396	0.0251	-6.655	14.896	-6.007
11	5.1881	0.8423	-2.3362	10.9732	1.0429	5.1348	-0.2903	0.3122	-0.2023	-0.2711	0.1623	0.4805	0.3415	-0.4726	0.128	0.1794	-0.0012	0.0285	0.2617	0.0077	0.0479	-18.732	13.68	-14.221
12	4.3455	-0.6296	-2.012	7.7069	-1.9434	1.5875	-0.327	-0.1702	-0.7114	-0.4547	0.2966	-0.7531	0.2204	0.6479	0.0304	0.328	0.0626	-0.0233	0.3993	-0.003	0.0821	2.189	17.638	-11.794
13	4.4813	1.2572	-1.3068	3.7153	0.6053	4.8498	-0.2863	-0.2007	-0.7463	0.1261	0.1212	-0.0368	0.2774	-0.0429	0.1651	0.2016	0.0683	0.0193	0.1766	0.0648	0.0407	-13.146	13.722	-11.39
14	9.9652	-0.1599	-4.0662	6.5895	3.3791	5.0081	-0.3904	-0.4787	-1.3807	0.5203	0.0063	0.1942	0.9268	-0.0724	0.3841	0.3741	0.1041	0.0983	0.2269	0.1278	0.2365	-17.16	6.927	-9.24
15	4.3509	4.2154	2.2254	12.1821	8.5384	7.4304	-0.0083	-0.4802	0.2737	0.3208	-0.0993	0.344	0.0826	-0.1155	0.1075	0.2638	0.0581	0.0246	0.3018	-0.0596	0.0446	-4.004	26.497	-7.106
16	12.6448	7.5225	2.3382	17.8696	4.6069	10.5697	-0.6501	1.1795	-0.4939	-0.7737	0.6045	-0.4701	0.0969	0.3624	0.0456	0.1647	-0.0169	0.0621	0.2986	-0.0147	0.0048	-8.392	18.288	-19.821

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	52 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	94 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	101 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	3 - 11
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	12 - 27
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	28 - 40
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	41 - 51
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	52 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	71 - 87
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	88 - 101
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	102 - 110

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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