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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kvd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Neisseria meningitidis Factor H binding protein, fHbp (GNA1870) at 2.0 A resolution | ||||||
要素 | Lipoproteinリポタンパク質 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / alternative complement pathway / antigen (抗原) / meningococcal vaccines / Lipoprotein (リポタンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cendron, L. / Veggi, D. / Girardi, E. / Zanotti, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Structure of the uncomplexed Neisseria meningitidis factor H-binding protein fHbp (rLP2086). 著者: Cendron, L. / Veggi, D. / Girardi, E. / Zanotti, G. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Neisseria Meningitidis Recruits Factor H using Protein Mimicry of Host Carbohydrates 著者: Schneider, M.C. / Prosser, B.E. / Caesar, J.J. / Kugelberg, E. / Li, S. / Zhang, Q. / Quoraishi, S. / Lovett, J.E. / Deane, J.E. / Sim, R.B. / Roversi, P. / Johnson, S. / Tang, C.M. / Lea, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kvd.cif.gz | 62.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kvd.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kvd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kvd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2w80S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25971.002 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 33-274 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 株: C58 / 遺伝子: gna1870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6QCC2 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 2000 MME, 300 mM Na acetate, 100 mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→60 Å / Num. all: 17912 / Num. obs: 17912 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2010 / % possible all: 90.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2W80 解像度: 2→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.945 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.583 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→60 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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