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- PDB-3kfd: Ternary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recogni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kfd
タイトルTernary complex of TGF-b1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily
要素
  • TGF-beta receptor type-1
  • TGF-beta receptor type-2
  • Transforming growth factor beta-1TGF-β
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / TGF-beta (TGF-β) / TGF-b1 (TGF-β1) / TGF-beta receptor type-1 / TGF-beta receptor type-2 / TbRII / TbRI / Growth factor (成長因子) / Receptor / Serine/threonine-protein kinase / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of microglia differentiation / mammary gland morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / lens fiber cell apoptotic process ...positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of microglia differentiation / mammary gland morphogenesis / Influenza Virus Induced Apoptosis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / negative regulation of skeletal muscle tissue development / tricuspid valve morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / activin receptor activity / regulatory T cell differentiation / extracellular structure organization / regulation of blood vessel remodeling / epicardium morphogenesis / regulation of striated muscle tissue development / miRNA transport / Langerhans cell differentiation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus / extracellular matrix assembly / parathyroid gland development / embryonic liver development / type III transforming growth factor beta receptor binding / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / positive regulation of tight junction disassembly / aorta morphogenesis / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / odontoblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / secondary palate development / cardiac left ventricle morphogenesis / ventricular compact myocardium morphogenesis / membrane protein intracellular domain proteolysis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / heart valve morphogenesis / endocardial cushion fusion / positive regulation of T cell tolerance induction / membranous septum morphogenesis / lung lobe morphogenesis / positive regulation of vasculature development / positive regulation of NK T cell differentiation / hyaluronan catabolic process / regulation of epithelial to mesenchymal transition / activin receptor activity, type I / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cardiac epithelial to mesenchymal transition / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor complex / mesenchymal cell differentiation / ATP biosynthetic process / neuron fate commitment / receptor catabolic process / negative regulation of extracellular matrix disassembly / germ cell migration / positive regulation of extracellular matrix assembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / regulation of stem cell proliferation / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / receptor protein serine/threonine kinase / myeloid dendritic cell differentiation / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / negative regulation of biomineral tissue development / type I transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of chemotaxis / coronary artery morphogenesis / activin receptor signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / outflow tract septum morphogenesis / filopodium assembly / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / regulation of stem cell differentiation / cell-cell junction organization / negative regulation of myoblast differentiation / SMAD protein signal transduction / positive regulation of vascular permeability / glycosaminoglycan binding / kinase activator activity / transforming growth factor beta binding / embryonic cranial skeleton morphogenesis / response to cholesterol / deubiquitinase activator activity
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related ...Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Cystine-knot cytokine / リボン / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-beta receptor type-1 / TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.995 Å
データ登録者Radaev, S. / Sun, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Ternary complex of transforming growth factor-beta1 reveals isoform-specific ligand recognition and receptor recruitment in the superfamily.
著者: Radaev, S. / Zou, Z. / Huang, T. / Lafer, E.M. / Hinck, A.P. / Sun, P.D.
履歴
登録2009年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-1
B: Transforming growth factor beta-1
E: TGF-beta receptor type-2
F: TGF-beta receptor type-2
I: TGF-beta receptor type-1
J: TGF-beta receptor type-1
C: Transforming growth factor beta-1
D: Transforming growth factor beta-1
G: TGF-beta receptor type-2
H: TGF-beta receptor type-2
K: TGF-beta receptor type-1
L: TGF-beta receptor type-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,46212
ポリマ－141,46212
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Transforming growth factor beta-1
B: Transforming growth factor beta-1
E: TGF-beta receptor type-2
F: TGF-beta receptor type-2
I: TGF-beta receptor type-1
J: TGF-beta receptor type-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7316
ポリマ－70,7316
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area28420 Å2
手法PISA
2
C: Transforming growth factor beta-1
D: Transforming growth factor beta-1
G: TGF-beta receptor type-2
H: TGF-beta receptor type-2
K: TGF-beta receptor type-1
L: TGF-beta receptor type-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7316
ポリマ－70,7316
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20380 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area55220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.70, 99.35, 102.7
Angle α, β, γ (deg.)64.01, 84.47, 84.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Hexamer

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要素

#1: タンパク質
Transforming growth factor beta-1 / TGF-β / TGF-beta-1 / Latency-associated peptide / LAP


分子量: 12809.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB1, TGFB / 器官 (発現宿主): ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: P01137
#2: タンパク質
TGF-beta receptor type-2 / Transforming growth factor-beta receptor type II / TGF-beta receptor type II / TGF-beta type II ...Transforming growth factor-beta receptor type II / TGF-beta receptor type II / TGF-beta type II receptor / TbetaR-II / TGFR-2


分子量: 13225.042 Da / 分子数: 4 / Fragment: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37173
#3: タンパク質
TGF-beta receptor type-1 / Transforming growth factor-beta receptor type I / TGF-beta receptor type I / TGF-beta type I ...Transforming growth factor-beta receptor type I / TGF-beta receptor type I / TGF-beta type I receptor / TbetaR-I / TGFR-1 / Serine/threonine-protein kinase receptor R4 / SKR4 / Activin receptor-like kinase 5 / ALK-5


分子量: 9330.697 Da / 分子数: 4 / Fragment: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36897
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 8-15% Peg 4000-8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23426 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1223 / Rsym value: 0.245

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
EPMR位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2TGI, 1M9Z, 1REW

2tgi

1m9z

1rew


解像度: 2.995→46.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.763 / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1062 4.8 %Random
Rwork0.217 21063 --
obs0.22 22125 82.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.915 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 164.87 Å2 / Biso mean: 73.45 Å2 / Biso min: 16.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.635 Å2-2.728 Å20.206 Å2
2---6.662 Å28.384 Å2
3----31.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.995→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9058 0 0 93 9151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63112563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0353375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.995-3.13120.3876620.30011234X-RAY DIFFRACTION38
3.1312-3.29630.3283960.2891990X-RAY DIFFRACTION63
3.2963-3.50270.33921380.26052695X-RAY DIFFRACTION85
3.5027-3.77310.31651310.22223016X-RAY DIFFRACTION93
3.7731-4.15260.24821640.20212968X-RAY DIFFRACTION94
4.1526-4.75290.22231590.16383048X-RAY DIFFRACTION95
4.7529-5.98610.21931610.18193048X-RAY DIFFRACTION96
5.9861-46.08540.25571510.23283064X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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