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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k82 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 | |||||||||
要素 | Disks large homolog 4 | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / alpha and beta protein / Cell junction (細胞結合) / Cell membrane (細胞膜) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Palmitate (パルミチン酸) / Phosphoprotein / Postsynaptic cell membrane / SH3 domain (SH3ドメイン) / Synapse (シナプス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 LGI-ADAM interactions / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / NrCAM interactions / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / receptor localization to synapse / cerebellar mossy fiber ...LGI-ADAM interactions / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / NrCAM interactions / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / receptor localization to synapse / cerebellar mossy fiber / cellular response to potassium ion / protein localization to synapse / vocalization behavior / Synaptic adhesion-like molecules / neuron spine / AMPA glutamate receptor clustering / juxtaparanode region of axon / Trafficking of AMPA receptors / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / neuron projection terminus / RHO GTPases activate CIT / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / acetylcholine receptor binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Neurexins and neuroligins / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of NMDA receptor activity / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / cortical cytoskeleton / Signaling by ERBB4 / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / locomotory exploration behavior / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / AMPA glutamate receptor complex / 長期増強 / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / 学習 / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / 接着結合 / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / establishment of protein localization / kinase binding / 細胞接着 / endocytic vesicle membrane / シナプス小胞 / 細胞結合 / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / protein phosphatase binding / protein-containing complex assembly / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / glutamatergic synapse / シナプス / protein-containing complex binding / 小胞体 / シグナル伝達 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Camara-Artigas, A. / Gavira, J.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010 タイトル: Novel conformational aspects of the third PDZ domain of the neuronal post-synaptic density-95 protein revealed from two 1.4A X-ray structures 著者: Camara-Artigas, A. / Murciano-Calles, J. / Gavira, J.A. / Cobos, E.S. / Martinez, J.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k82.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k82.ent.gz | 22.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k82 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10512.738 Da / 分子数: 1 / 断片: Third PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P78352 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 0.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8M potassium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→42.993 Å / Num. all: 16937 / Num. obs: 16934 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 13.076 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0548 / Rsym value: 0.0548 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 3.55 % / Rmerge(I) obs: 0.3079 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3139 / Rsym value: 0.3079 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BFE 解像度: 1.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.224 / WRfactor Rwork: 0.175 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.875 / SU B: 1.026 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.064 / SU Rfree: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.48 Å2 / Biso mean: 17.095 Å2 / Biso min: 3.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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