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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k80 | ||||||
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タイトル | Structure of essential protein from Trypanosoma brucei | ||||||
要素 |
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キーワード | Immune System (免疫系) / RNA Binding Protein (RNA結合タンパク質) / RNA-editing / OB-fold / RNA-binding proteins (RNA結合タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNAエディティング / mitochondrial mRNA editing complex / キネトプラスト / single-stranded DNA binding / endonuclease activity / RNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structures of a key interaction protein from the Trypanosoma brucei editosome in complex with single domain antibodies. 著者: Wu, M. / Park, Y.J. / Pardon, E. / Turley, S. / Hayhurst, A. / Deng, J. / Steyaert, J. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k80.cif.gz | 95.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k80.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k80.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/3k80 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 14130.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: タンパク質 | 分子量: 16119.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.2090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38B90 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG4000, 10% iso-propanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月13日 |
放射 | モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 21647 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 64.3 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 37 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 21647 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 60.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EQQ for chain C&D and 1I3V for chain A&B 解像度: 2.4→27.801 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.354 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.801 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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