PDB-3k41: Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M bound to Man-6-P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k41

タイトル

Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M bound to Man-6-P

要素

Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

キーワード

Protein transport / sugar binding protein / transport /

lysosome (リソソーム) /

mannose (マンノース) /

receptor (受容体) /

sugar binding (砂糖) /

Glycoprotein (糖タンパク質) /

Membrane (生体膜) /

Phosphoprotein /

Transmembrane (膜貫通型タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / Lysosome Vesicle Biogenesis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome /

Clathrin-mediated endocytosis / lysosomal transport /

ゴルジ体 /

エンドソーム / lysosomal membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Intermonomer interactions are essential for lysosomal enzyme binding by the cation-dependent mannose 6-phosphate receptor.
著者: Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.

履歴

登録	2009年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k41.cif.gz	79.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k41.ent.gz	57.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/3k41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k42C 3k43C 1m6pS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1pwe-3 6bnf-d 1fco-1 5chj-1 5gzw-2 2jii-2 3fkw-1 4kg6-3 5gmb-1 5wag-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

B: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor

ヘテロ分子

38.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.234, 77.112, 79.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor /

/ CD Man-6-P receptor / CD-MPR / 46 kDa mannose 6-phosphate receptor / MPR 46

分子量: 18273.494 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-182 / 変異: E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: M6PR / プラスミド: pGAP / 発現宿主:

Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P11456

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-M6D / 6-O-phosphono-beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose-6-phosphate / 6-O-phosphono-beta-D-mannose / 6-O-phosphono-D-mannose / 6-O-phosphono-mannose / β-D-マンノピラノ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5;25% PEG 2000MME; 0.2M ammonium acetate; 0.025M OBG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 26594 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Χ²: 5.316 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.534 / Num. unique all: 2607 / Χ²: 2.074 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CrystalClear		データ収集
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1M6P

1m6p

解像度: 1.9→38.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2526	9.5 %
R_work	0.216	-	-
obs	-	25567	96.2 %

溶媒の処理

B_sol: 50.155 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.58 Å² / B_iso mean: 27.305 Å² / B_iso min: 12.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.394 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.784 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.178 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2340	0	110	161	2611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.387	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.144	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.153	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.142	2.5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION	4	m6p.par
X-RAY DIFFRACTION	5	gol.par

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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