+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j2i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of late pre-60S ribosomal subunits with nuclear export factor Arx1 bound at the peptide exit tunnel | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / ribosome (リボソーム) / pre-ribosome / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of cell differentiation / rRNA processing / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / regulation of translation / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.9 Å | ||||||
データ登録者 | Bradatsch, B. / Leidig, C. / Granneman, S. / Gnaedig, M. / Tollervey, D. / Boettcher, B. / Beckmann, R. / Hurt, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Structure of the pre-60S ribosomal subunit with nuclear export factor Arx1 bound at the exit tunnel. 著者: Bettina Bradatsch / Christoph Leidig / Sander Granneman / Marén Gnädig / David Tollervey / Bettina Böttcher / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: Preribosomal particles evolve in the nucleus through transient interaction with biogenesis factors before export to the cytoplasm. Here, we report the architecture of the late pre-60S particle, ...Preribosomal particles evolve in the nucleus through transient interaction with biogenesis factors before export to the cytoplasm. Here, we report the architecture of the late pre-60S particle, purified from Saccharomyces cerevisiae, through Arx1, a nuclear export factor with structural homology to methionine aminopeptidases, or its binding partner Alb1. Cryo-EM reconstruction of the Arx1 particle at 11.9-Å resolution reveals regions of extra density on the pre-60S particle attributed to associated biogenesis factors, confirming the immature state of the nascent subunit. One of these densities could be unambiguously assigned to Arx1. Immunoelectron microscopy and UV cross-linking localize Arx1 close to the ribosomal exit tunnel, in direct contact with ES27, a highly dynamic eukaryotic rRNA expansion segment. The binding of Arx1 at the exit tunnel may position this export factor to prevent premature recruitment of ribosome-associated factors active during translation. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j2i.cif.gz | 121.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3j2i.ent.gz | 93.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j2i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j2i | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
2 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12522 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 43851.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ80 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: pre-60S particle / タイプ: RIBOSOME / 別称: pre-60S |
---|---|
分子量 | 値: 1.3 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1.5 mM or 5 mM MgCl2, 0.075% (v/v) NP-40 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % 詳細: Blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年4月6日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: subvolumes | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Projection Matching / 解像度: 11.9 Å / 粒子像の数: 100000 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2375 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2375 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|