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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iug | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the RhoGAP domain of RICS | ||||||
要素 | Rho/Cdc42/Rac GTPase-activating protein RICS | ||||||
キーワード | SPLICING / Structural Genomics Consortium (SGC) / GAP / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cell junction (細胞結合) / Cell membrane (細胞膜) / Cell projection / Cytoplasm (細胞質) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Endosome (エンドソーム) / Golgi apparatus (ゴルジ体) / GTPase activation / Membrane (生体膜) / Phosphoprotein / Postsynaptic cell membrane / SH3 domain (SH3ドメイン) / Synapse (シナプス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / phosphatidylinositol phosphate binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / GTPase activator activity / 核小体 / マイクロフィラメント / 細胞皮質 / 樹状突起スパイン / postsynaptic density ...: / phosphatidylinositol phosphate binding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / GTPase activator activity / 核小体 / マイクロフィラメント / 細胞皮質 / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / endosome membrane / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of the RhoGAP domain of RICS 著者: Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iug.cif.gz | 95.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iug.ent.gz | 71.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iug | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2osaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit was not determined. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26300.014 Da / 分子数: 2 / 断片: Rho-GAP domain: UNP residues 367-577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GI:134105571, GRIT, KIAA0712, RICS / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: A7KAX9 #2: 化合物 | ChemComp-UNX / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 5000 MME, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES, 1:100 w/w subtilisin, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 45281 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.463 / Net I/σ(I): 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2OSA 解像度: 1.77→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.19 / SU B: 2.22 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.231 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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