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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iij | ||||||
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タイトル | The structure of hCINAP-ADP complex at 1.76 angstroms resolution. | ||||||
要素 | Coilin-interacting nuclear ATPase protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / TRANSFERASE (転移酵素) / Alpha and beta proteins (a/b) / phosphotransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside monophosphate kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / カハール体 / nuclear speck / リン酸化 / 中心体 / ATP hydrolysis activity ...nucleoside monophosphate kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleobase-containing small molecule interconversion / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / カハール体 / nuclear speck / リン酸化 / 中心体 / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Zographos, S.E. / Drakou, C.E. / Leonidas, D.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2012 タイトル: hCINAP is an atypical mammalian nuclear adenylate kinase with an ATPase motif: Structural and functional studies. 著者: Drakou, C.E. / Malekkou, A. / Hayes, J.M. / Lederer, C.W. / Leonidas, D.D. / Oikonomakos, N.G. / Lamond, A.I. / Santama, N. / Zographos, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iij.cif.gz | 58 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iij.ent.gz | 41.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iij.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3iij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/3iij | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20867.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CINAP, TAF9, hCG_37060 / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5F2S9, UniProt: Q9Y3D8*PLUS, adenylate kinase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.5 M Li2SO4, 0.2 M NaCl, 0.5 mM DTT, 25 mM MgCl2, 2 mM ADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.11665 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: Rh Coated mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator with sagittal focussing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11665 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→30 Å / Num. all: 32104 / Num. obs: 31610 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 17.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 88.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RKB 解像度: 1.76→28.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.051 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→28.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.809 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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