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- PDB-3ifn: X-ray structure of amyloid beta peptide:antibody (Abeta1-40:12A11... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ifn
タイトルX-ray structure of amyloid beta peptide:antibody (Abeta1-40:12A11) complex
要素
  • 12A11 FAB antibody heavy chain
  • 12A11 FAB antibody light chain
  • Amyloid beta A4 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / amyloid beta peptide (アミロイドβ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / 繊毛 / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein serine/threonine kinase binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / : / nuclear envelope lumen / suckling behavior / presynaptic active zone / dendrite development / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / modulation of excitatory postsynaptic potential / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / 小胞体 / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of T cell migration / spindle midzone / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / forebrain development / クラスリン / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of chemokine production / Notchシグナリング / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / neuron projection maintenance / positive regulation of protein metabolic process / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of glycolytic process / cholesterol metabolic process / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / trans-Golgi network membrane / dendritic shaft / platelet alpha granule lumen / locomotory behavior / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / 学習 / positive regulation of interleukin-1 beta production / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / astrocyte activation / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of JNK cascade / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / visual learning / serine-type endopeptidase inhibitor activity / neuromuscular junction / recycling endosome / 認識 / positive regulation of inflammatory response / Golgi lumen / neuron cellular homeostasis / エンドサイトーシス / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of interleukin-6 production / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / neuron projection development / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell junction / シナプス小胞
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アミロイド前駆体タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Weis, W.I. / Feinberg, H. / Basi, G.S. / Schenk, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural correlates of antibodies associated with acute reversal of amyloid beta-related behavioral deficits in a mouse model of Alzheimer disease.
著者: Basi, G.S. / Feinberg, H. / Oshidari, F. / Anderson, J. / Barbour, R. / Baker, J. / Comery, T.A. / Diep, L. / Gill, D. / Johnson-Wood, K. / Goel, A. / Grantcharova, K. / Lee, M. / Li, J. / ...著者: Basi, G.S. / Feinberg, H. / Oshidari, F. / Anderson, J. / Barbour, R. / Baker, J. / Comery, T.A. / Diep, L. / Gill, D. / Johnson-Wood, K. / Goel, A. / Grantcharova, K. / Lee, M. / Li, J. / Partridge, A. / Griswold-Prenner, I. / Piot, N. / Walker, D. / Widom, A. / Pangalos, M.N. / Seubert, P. / Jacobsen, J.S. / Schenk, D. / Weis, W.I.
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 12A11 FAB antibody heavy chain
L: 12A11 FAB antibody light chain
P: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4053
ポリマ－52,4053
非ポリマー00
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.99, 87.01, 58.99
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 12A11 FAB antibody heavy chain


分子量: 23978.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: CET1018 / 細胞株 (発現宿主): CHO CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#2: 抗体 12A11 FAB antibody light chain


分子量: 24090.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: CET1018 / 細胞株 (発現宿主): CHO CELLS
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#3: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein


分子量: 4335.852 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 672-711 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P05067
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 5.3 mg/ml, 10 mM Hepes, pH 7.5, 75 mM NaCl. Protein:peptide molar ratio: 1:4.5. Reservoir: 0.2M NaCl, 25% Peg 4K, 0.1M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→58.695 Å / Num. obs: 67740 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→58.695 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 3440 5.08 %
Rwork0.187 --
obs0.1883 67712 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.95 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 101.97 Å2 / Biso mean: 20.925 Å2 / Biso min: 3.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20.123 Å2
2--5.135 Å20 Å2
3----4.815 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→58.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3389 0 0 470 3859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9945061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6391347
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.52060.24061500.20432269X-RAY DIFFRACTION89
1.5206-1.54230.25521420.20772511X-RAY DIFFRACTION95
1.5423-1.56530.23931210.19692555X-RAY DIFFRACTION98
1.5653-1.58980.22051390.19242603X-RAY DIFFRACTION98
1.5898-1.61580.23261290.18842512X-RAY DIFFRACTION98
1.6158-1.64370.22351590.18112570X-RAY DIFFRACTION98
1.6437-1.67360.20861120.1822580X-RAY DIFFRACTION98
1.6736-1.70580.22641140.17632580X-RAY DIFFRACTION98
1.7058-1.74060.21511350.17932563X-RAY DIFFRACTION98
1.7406-1.77850.2171400.18082575X-RAY DIFFRACTION98
1.7785-1.81980.2121390.18092547X-RAY DIFFRACTION98
1.8198-1.86530.23181370.1832568X-RAY DIFFRACTION98
1.8653-1.91580.20531420.18542556X-RAY DIFFRACTION98
1.9158-1.97220.21651400.19082588X-RAY DIFFRACTION98
1.9722-2.03580.23871390.19282564X-RAY DIFFRACTION99
2.0358-2.10860.23861380.18682585X-RAY DIFFRACTION98
2.1086-2.1930.25171210.18952591X-RAY DIFFRACTION99
2.193-2.29280.2151370.19182591X-RAY DIFFRACTION99
2.2928-2.41370.20331750.19762580X-RAY DIFFRACTION99
2.4137-2.56490.22271330.19222632X-RAY DIFFRACTION100
2.5649-2.7630.20731420.19852592X-RAY DIFFRACTION100
2.763-3.0410.20891350.19812634X-RAY DIFFRACTION100
3.041-3.4810.18581330.18172649X-RAY DIFFRACTION100
3.481-4.38550.18241330.15582629X-RAY DIFFRACTION99
4.3855-58.73950.1661550.14912648X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.34140.2041-0.03230.54890.23751.6948-0.01260.0316-0.0585-0.0898-0.0041-0.012-0.0918-0.12380.01730.1090.0022-0.01540.0851-0.00220.09559.650867.686339.2134
20.99040.454-0.22070.78570.20930.68690.1558-0.18910.07090.0376-0.0874-0.0776-0.0999-0.0218-0.0388-0.0003-0.0050.01460.0372-0.04230.083530.567889.603263.2003
30.78230.2139-0.00850.45450.230.32650.03460.05620.0291-0.0618-0.0064-0.104-0.12080.0449-0.02760.15770.01070.02010.05290.00080.082723.445679.099225.9316
40.5249-0.3950.32660.797-0.06910.21590.0498-0.04160.0323-0.0776-0.02160.00760.02240.0025-0.01470.06460.0159-0.00490.10440.00860.095344.092184.580155.3393
52.4131-0.2046-2.77593.7367-0.39092.3834-0.29690.2821-0.15650.0682-0.0116-0.33260.4386-0.26670.27380.2157-0.02660.0180.1552-0.00140.181512.319662.187422.4043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1-120H1 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 121-222H121 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resid 1-112L1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 113-219L113 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5chain P and resid 2-7P2 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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