+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wl2 | ||||||
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Title | VH1-69 germline antibody with CDR H3 sequence of CR9114 | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIVIRAL PROTEIN / VH1-69 germline antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Wilson, I.A. / Lang, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Anti-idiotypic antibody K1-18 engages VH1-69 precursor and affinity-matured, anti-stem antibodies through mimicry of the HA stem. Authors: Wilson, I.A. / Lang, S. / Kurosawa, Y. / Ohshima, N. / Ota, T. / Abadejos, J. / Lee, P.S. / Nemazee, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5wl2.cif.gz | 332.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5wl2.ent.gz | 280.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5wl2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/5wl2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24482.320 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 22827.123 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.095 M sodium citrate pH 5.6 19% 2-propanol 5% (v/v) glycerol 19% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77.2 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→43.663 Å / Num. obs: 81962 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.96 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4107 / CC1/2: 0.61 / Rpim(I) all: 0.43 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2→43.663 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 27.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.995→43.663 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -23.6452 Å / Origin y: 0.3136 Å / Origin z: -20.5317 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |