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- PDB-3i3m: Crystal Structure of AlkB in complex with Mn(II), 2-oxoglutarate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i3m
タイトルCrystal Structure of AlkB in complex with Mn(II), 2-oxoglutarate and methylated trinucleotide T-meC-T
要素
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB
  • DNA (5'-D(P*TP*(ME6)P*T)-3')
キーワードOXIDOREDUCTASE/DNA / beta jellyroll / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / Dioxygenase / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / Iron (鉄) / Metal-binding / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / : ...response to methyl methanesulfonate / : / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / : / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / デオキシリボ核酸 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Yu, B. / Hunt, J.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Enzymological and structural studies of the mechanism of promiscuous substrate recognition by the oxidative DNA repair enzyme AlkB.
著者: Yu, B. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB
B: DNA (5'-D(P*TP*(ME6)P*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6804
ポリマ－24,4792
非ポリマー2012
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.444, 41.444, 116.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB / Alkylated DNA repair protein alkB


分子量: 23610.975 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: aidD, alkB, b2212, JW2200 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*(ME6)P*T)-3')


分子量: 867.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97947 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 31383 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 2.42 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.533.70.43815592.729199.9
1.53-1.553.60.38115672.606199.9
1.55-1.583.70.32315732.665199.9
1.58-1.623.60.30715362.7771100
1.62-1.653.70.27315882.79199.9
1.65-1.693.70.23815512.7641100
1.69-1.733.70.21215822.753199.9
1.73-1.783.70.18215612.767199.9
1.78-1.833.70.15215632.751199.9
1.83-1.893.70.12616062.616199.9
1.89-1.963.70.10715432.687199.7
1.96-2.043.70.08815522.622199.9
2.04-2.133.70.07415662.515199.9
2.13-2.243.80.06415672.411199.9
2.24-2.383.80.05815742.331199.7
2.38-2.563.80.05115922.186199.9
2.56-2.823.80.04615532.1441100
2.82-3.233.80.03515851.768199.7
3.23-4.073.80.02815781.382199.4
4.07-503.80.02715871.338198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 42.6 / Cor.coef. Fo:Fc: 40.82 /
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å10 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO1.2位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→33.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.882 / Data cutoff high absF: 1232268 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 3060 10.2 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs-30051 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.434 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.21 Å2 / Biso mean: 13.695 Å2 / Biso min: 4.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 61 11 148 1784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 460 9.8 %
Rwork0.216 4229 -
all-4689 -
obs--89.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param_bywater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramdna-rna.top_by
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5akg.parakg.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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