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万見
- PDB-3hr8: Crystal Structure of Thermotoga maritima RecA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hr8
タイトルCrystal Structure of Thermotoga maritima RecA
要素Protein recA
キーワードRECOMBINATION (遺伝的組換え) / Alpha and beta proteins (a/b / a+b) / ATP-binding / Cytoplasm (細胞質) / DNA damage (DNA修復) / DNA recombination / DNA repair (DNA修復) / DNA-binding / Nucleotide-binding / SOS response
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA修復 / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / recA bacterial DNA recombination protein / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain ...RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / recA bacterial DNA recombination protein / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lee, S. / Kim, T.G. / Jeong, E.-Y. / Ban, C. / Jeon, W.-J. / Min, K.I. / Song, K.-M. / Heo, S.-D. / Ku, J.K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of RecA Protein from Thermotoga maritima MSB8
著者: Lee, S. / Kim, T.G. / Ku, J.K. / Ban, C.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein recA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8481
ポリマ－38,8481
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.137, 102.137, 81.512
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein recA / DNA Recombinase A / Recombinase A


分子量: 38847.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
株: Thermotoga maritima MSB8 / 遺伝子: recA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36203
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium Acetate trihydrate (pH 4.6), 8% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月13日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 48111 / Num. obs: 45897 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.052
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique all: 3251 / % possible all: 64.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OFO

2ofo


解像度: 1.95→23.492 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.875 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1801 5.13 %
Rwork0.195 33335 -
obs0.197 35136 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.801 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.51 Å2 / Biso mean: 43.843 Å2 / Biso min: 17.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å2-0 Å20 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→23.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2619 0 0 299 2918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2913571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9141004
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.0030.2941410.2422535267699
2.003-2.0620.2371350.2312526266199
2.062-2.1280.2761250.2062570269599
2.128-2.2040.211330.2032544267799
2.204-2.2920.2331380.1852572271099
2.292-2.3970.2421520.19825302682100
2.397-2.5230.2351440.19225442688100
2.523-2.6810.2541180.18925882706100
2.681-2.8870.2421340.19425642698100
2.887-3.1770.2121530.19925742727100
3.177-3.6350.2091380.18725832721100
3.635-4.5750.181430.1725802723100
4.575-23.4930.2591470.226252772100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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