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万見
- PDB-3hj2: Crystal structure of covalent dimer of HNP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hj2
タイトルCrystal structure of covalent dimer of HNP1
要素HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / defensin (ディフェンシン) / antimicrobial / chemotactic (走化性) / cationic (イオン) / Cys-rich / covalent dimer / synthetic / Antibiotic (抗生物質) / Antiviral defense / Disulfide bond (ジスルフィド) / Fungicide (殺菌剤 (農薬その他)) / Phosphoprotein / Secreted (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / 走化性 / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix / defense response to virus / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Defensin propeptide / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Pazgier, M. / Lu, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: What Dictates the Multifaced Functions of the Human alpha-Defensin HNP1?
著者: Wei, G. / de Leeuw, E. / Pazgier, M. / Rajabi, M. / Li, J. / Zou, G. / Ericksen, B. / Wu, Z. / Yuan, W. / Szmacinski, H. / Lu, W.-Y. / Lubkowski, J. / Lehrer, R.L. / Lu, W.
履歴
登録2009年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1
B: HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3392
ポリマ－7,3392
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.07, 49.37, 24.99
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1 / Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / ...Neutrophil defensin 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / Defensin / alpha 1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2


分子量: 3669.358 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 65-94 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59665
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AN ARTIFICIAL N-TERMINAL CGG EXTENSION DESIGNED TO COVALENTLY LINK (CYS-CYS) MONOMERS OF HNP1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Na-citrate (pH 5.6), 0.2 M NH4-acetate, 30% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220)
放射モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→24.68 Å / Num. all: 11611 / Num. obs: 11611 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): -1.7 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 17.8 / Num. unique all: 1171 / Rsym value: 0.114 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0057精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dfn

1dfn


解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.655 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23578 579 5 %RANDOM
Rwork0.19886 ---
all0.20059 10987 --
obs0.20059 10987 96.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.827 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.72 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.248 Å / Luzzati d res low obs: 15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数487 0 0 51 538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.935685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.617564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.59417.89519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3981568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.451157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1081.5322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8932499
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5123183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5584.5186
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.9943505
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.232351
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.1543487
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 31 -
Rwork0.192 819 -
obs-850 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4972-0.56390.964410.0792-0.85162.43360.0043-0.04830.00710.4582-0.0008-0.2318-0.05030.1399-0.0036-0.10930.01020.0135-0.11660.0107-0.1436-18.7710.4964.063
211.5009-3.17941.36783.9254-3.18163.4533-0.27620.17440.61650.18540.0123-0.357-0.19720.01610.2638-0.1130.0166-0.0498-0.1045-0.0284-0.1035-12.5554.905-4.732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 8
2X-RAY DIFFRACTION1A9 - 15
3X-RAY DIFFRACTION1A16
4X-RAY DIFFRACTION1A17 - 33
5X-RAY DIFFRACTION2B3 - 8
6X-RAY DIFFRACTION2B9 - 15
7X-RAY DIFFRACTION2B16
8X-RAY DIFFRACTION2B17 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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