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万見
- PDB-3h4r: Crystal structure of E. coli RecE exonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h4r
タイトルCrystal structure of E. coli RecE exonuclease
要素Exodeoxyribonuclease 8
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Recombination (遺伝的組換え) / Nuclease (ヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Exodeoxyribonuclease 8 / Enterobacterial exodeoxyribonuclease VIII / Putative exodeoxyribonuclease 8, PDDEXK-like domain / PDDEXK-like domain of unknown function (DUF3799) / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exodeoxyribonuclease 8
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bell, C.E. / Zhang, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of E. coli RecE protein reveals a toroidal tetramer for processing double-stranded DNA breaks.
著者: Zhang, J. / Xing, X. / Herr, A.B. / Bell, C.E.
履歴
登録2009年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4031
ポリマ－30,4031
非ポリマー00
水0
1
A: Exodeoxyribonuclease 8

A: Exodeoxyribonuclease 8

A: Exodeoxyribonuclease 8

A: Exodeoxyribonuclease 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,6134
ポリマ－121,6134
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-59.7 kcal/mol
Surface area41690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.200, 123.200, 67.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease 8 / / Exodeoxyribonuclease VIII / EXO VIII


分子量: 30403.252 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain: UNP residues 606-866 / 変異: P658L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1350, JW1344, recE / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI)
参照: UniProt: P15032, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30-42% Glycerol, 100 mM DL-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月9日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Diamond(111) Double Crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 13172 / Num. obs: 13172 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 23.5 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→45.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 3811437.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 656 5 %RANDOM
Rwork0.29 ---
obs0.29 13172 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.5675 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 97.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.55 Å20 Å20 Å2
2---25.55 Å20 Å2
3---51.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.52 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.99 Å0.83 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 0 0 1736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.692.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.473 112 5.2 %
Rwork0.476 2028 -
obs--99.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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