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Yorodumi- PDB-2igt: Crystal Structure of the SAM Dependent Methyltransferase from Agr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2igt | ||||||
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Title | Crystal Structure of the SAM Dependent Methyltransferase from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
Components | SAM dependent methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / alpha-beta sandwich / beta-barrel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrobacterium tumefaciens str. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.89 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Joachimiak, A. / Xu, X. / Gu, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of the SAM Dependent Methyltransferase from Agrobacterium tumefaciens Authors: Kim, Y. / Joachimiak, A. / Xu, X. / Gu, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2igt.cif.gz | 234.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2igt.ent.gz | 197.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2igt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2igt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2igt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 37431.188 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium tumefaciens str. (bacteria) Species: Agrobacterium tumefaciens / Strain: C58 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21DE3 / References: UniProt: Q8UIF7, UniProt: A9CKD6*PLUS |
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-Non-polymers , 5 types, 958 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACY / #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1M sodium acetate 4.6, 3.2M sodium formate, 4% glycerol, 5mM SAM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97937 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 4, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→42.83 Å / Num. all: 99837 / Num. obs: 99837 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 117.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.96 Å / Redundancy: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 9691 / % possible all: 98.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.89→42.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.914 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.121 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.174 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→42.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.892→1.941 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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