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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h1v | ||||||
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タイトル | Human glucokinase in complex with a synthetic activator | ||||||
要素 | Glucokinaseグルコキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / glucokinase (グルコキナーゼ) / diabetes (糖尿病) / allosteric activator (アロステリック効果) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ATP-binding / Diabetes mellitus (糖尿病) / Disease mutation / Glycolysis (解糖系) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Polymorphism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / NADP metabolic process / D-glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / 解糖系 / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Kamata, K. / Takahashi, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: The design and optimization of a series of 2-(pyridin-2-yl)-1H-benzimidazole compounds as allosteric glucokinase activators. 著者: Takahashi, K. / Hashimoto, N. / Nakama, C. / Kamata, K. / Sasaki, K. / Yoshimoto, R. / Ohyama, S. / Hosaka, H. / Maruki, H. / Nagata, Y. / Eiki, J. / Nishimura, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3h1v.cif.gz | 105.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3h1v.ent.gz | 80 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3h1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/3h1v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50610.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 16-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / プラスミド: pFLAG-CTC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alfa / 参照: UniProt: P35557, グルコキナーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / |
#3: 化合物 | ChemComp-TK1 / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 % / Mosaicity: 0.441 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 30% PEG 1500, HEPES, pH 6.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月25日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 34817 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 31.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.11→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.413 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.33 Å2 / Biso mean: 39.888 Å2 / Biso min: 12.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→47.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.107→2.162 Å / Total num. of bins used: 20
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