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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gq9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Bacteriophage phi29 gene product 12 N-terminal fragment in an apo form | ||||||
要素 | Preneck appendage protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / beta helix (Βヘリックス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus phage phi29 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Xiang, Y. / Rossmann, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009 タイトル: Crystallographic insights into the autocatalytic assembly mechanism of a bacteriophage tail spike. 著者: Xiang, Y. / Leiman, P.G. / Li, L. / Grimes, S. / Anderson, D.L. / Rossmann, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gq9.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gq9.ent.gz | 103.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gq9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/3gq9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64410.914 Da / 分子数: 1 / 断片: D1*D2D3, Residues 89-691 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RESIDUES 89-854 EXPRESSED WITH A N-TERMIINAL HIS6 TAG 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 遺伝子: 12, gene product 12 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: B3VMP8, UniProt: P20345*PLUS | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NHE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THESE MUTATIONS MIGHT BE AN ACCUMULATE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 詳細: 100mM CHES at ~pH 10.0 and 8% PEG3K. Crystalls obtained were then soaked in a mother liquid containing 10mM EDTA for ~5 hours., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.99 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→43.69 Å / Num. obs: 61778 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 24.302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→43.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 2.745 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.16 Å2 / Biso mean: 23.137 Å2 / Biso min: 10.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→43.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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