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Yorodumi- PDB-6e1r: Crystal structure of the Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 tailspike... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6e1r | ||||||
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Title | Crystal structure of the Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 tailspike protein | ||||||
Components | Tailspike protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 / tailspike / Acinetobacter baumannii | ||||||
Function / homology | Tailspike protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.693 Å | ||||||
Authors | Plattner, M. / Shneider, M.M. / Oliveira, H. / Azeredo, J. / Leiman, P.G. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 tailspike protein Authors: Plattner, M. / Shneider, M.M. / Oliveira, H. / Azeredo, J. / Leiman, P.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6e1r.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6e1r.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6e1r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/6e1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/6e1r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 59409.586 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter phage vB_ApiP_P1 (virus) / Gene: P1_43 / Plasmid: pTSL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 / References: UniProt: A0A221SBY4 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 100mM sodium Citrate pH 5.5, 2.8M NaCl, 10mM KSCN |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Aug 23, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.69→50 Å / Num. obs: 197955 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 9.93 |
Reflection shell | Resolution: 2.69→2.86 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.879 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 31287 / CC1/2: 0.908 / Rrim(I) all: 0.95 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.693→49.115 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / Phase error: 27.8
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.693→49.115 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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