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万見
- PDB-3gcx: PCSK9:EGFA (pH 7.4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gcx
タイトルPCSK9:EGFA (pH 7.4)
要素
  • (Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9PCSK9) x 2
  • Low-density lipoprotein receptorLDL受容体
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PCSK9 / LDL receptor (LDL受容体) / Autocatalytic cleavage / Cholesterol metabolism / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Hydrolase (加水分解酵素) / Lipid metabolism (脂質代謝) / Phosphoprotein / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Steroid metabolism (ステロイド) / Zymogen (酵素前駆体) / Coated pit / EGF-like domain (EGF様ドメイン) / Endocytosis (エンドサイトーシス) / Host-virus interaction / LDL / Lipid transport / Membrane (生体膜) / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport ...regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / negative regulation of microglial cell activation / very-low-density lipoprotein particle binding / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / negative regulation of receptor recycling / low-density lipoprotein particle clearance / clathrin heavy chain binding / PCSK9-AnxA2 complex / low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding / intestinal cholesterol absorption / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / response to caloric restriction / Chylomicron clearance / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / LDL clearance / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / lipoprotein metabolic process / signaling receptor inhibitor activity / high-density lipoprotein particle clearance / lipoprotein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of protein metabolic process / low-density lipoprotein particle / phospholipid transport / cholesterol transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of receptor internalization / endolysosome membrane / negative regulation of amyloid fibril formation / regulation of signaling receptor activity / sodium channel inhibitor activity / lysosomal transport / negative regulation of protein metabolic process / artery morphogenesis / triglyceride metabolic process / cellular response to fatty acid / regulation of cholesterol metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / sorting endosome / apolipoprotein binding / positive regulation of receptor internalization / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / phospholipid metabolic process / long-term memory / 食作用 / regulation of neuron apoptotic process / Retinoid metabolism and transport / クラスリン / somatodendritic compartment / VLDLR internalisation and degradation / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / 神経発生 / receptor-mediated endocytosis / liver development / cholesterol homeostasis / kidney development / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / lipid metabolic process / neuron differentiation / positive regulation of inflammatory response / エンドサイトーシス / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / apical part of cell / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / basolateral plasma membrane / protease binding / リソソーム / molecular adaptor activity / receptor complex / エンドソーム / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B ...Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 3 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 2 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9, C-terminal domain 1 / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Proprotein convertase subtilisin-like/kexin type 9 C-terminal domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / ラミニン / ラミニン / Serine proteases, subtilase domain profile. / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Peptidase S8, subtilisin-related / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF様ドメイン / リボン / Jelly Rolls / Alpha-Beta Plaits / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LDL受容体 / Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者McNutt, M.C. / Kwon, H.J. / Chen, C. / Chen, J.R. / Horton, J.D. / Lagace, T.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Antagonism of Secreted PCSK9 Increases Low Density Lipoprotein Receptor Expression in HepG2 Cells.
著者: McNutt, M.C. / Kwon, H.J. / Chen, C. / Chen, J.R. / Horton, J.D. / Lagace, T.A.
履歴
登録2009年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
A: Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9
E: Low-density lipoprotein receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8584
ポリマ－77,8183
非ポリマー401
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.047, 116.047, 133.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / PCSK9 / Proprotein convertase PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated ...Proprotein convertase PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1


分子量: 11283.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052
細胞株 (発現宿主): human embryonic kidney cells (HEK293S)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質 Proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 / PCSK9 / Proprotein convertase PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated ...Proprotein convertase PC9 / Subtilisin/kexin-like protease PC9 / Neural apoptosis-regulated convertase 1 / NARC-1


分子量: 57443.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052
細胞株 (発現宿主): human embryonic kidney cells (HEK293S)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor / LDL受容体 / LDL receptor


分子量: 9090.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01130
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3M (NH4)H2PO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→41 Å / Num. obs: 24921 / % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0037 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3BPS

3bps


解像度: 2.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 26.073 / SU ML: 0.236 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.51 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26054 1270 5.1 %RANDOM
Rwork0.22591 ---
obs0.22762 23589 96.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.422 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4276 0 1 0 4277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9731.9595924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.1823.081185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01715704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1911539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.22914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1050.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2951.52868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5424494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.63531651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0994.51430
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.465 86 -
Rwork0.347 1423 -
obs--81.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.60260.92130.99128.0542-1.5099.5449-0.1756-0.1494-0.1640.29610.00351.03660.5245-1.25940.17210.4842-0.4463-0.1250.1280.16860.044813.123-34.332-1.334
21.7409-0.02230.77472.33770.31463.5394-0.07220.06470.09740.06110.2428-0.1010.1881-0.0737-0.1706-0.16110.0156-0.0096-0.15630.1164-0.167130.991-8.209-0.053
35.0118-0.8151-1.82856.90430.53996.0701-0.02460.39290.277-0.30240.33510.388-0.3597-0.4066-0.3105-0.1077-0.05930.0125-0.01720.2203-0.106929.039.308-25.124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E292 - 332
2X-RAY DIFFRACTION1E1
3X-RAY DIFFRACTION2P61 - 152
4X-RAY DIFFRACTION2A153 - 449
5X-RAY DIFFRACTION3A453 - 682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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