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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gcw | ||||||
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タイトル | PCSK9:EGFA(H306Y) | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / PCSK9 / LDL receptor (LDL受容体) / Autocatalytic cleavage / Cholesterol metabolism / Disease mutation / Glycoprotein (糖タンパク質) / Hydrolase (加水分解酵素) / Lipid metabolism (脂質代謝) / Phosphoprotein / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Steroid metabolism (ステロイド) / Zymogen (酵素前駆体) / Coated pit / EGF-like domain (EGF様ドメイン) / Endocytosis (エンドサイトーシス) / Host-virus interaction / LDL / Lipid transport / Membrane (生体膜) / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport ...regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of astrocyte activation / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / extrinsic component of external side of plasma membrane / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / negative regulation of microglial cell activation / very-low-density lipoprotein particle binding / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / negative regulation of receptor recycling / low-density lipoprotein particle clearance / clathrin heavy chain binding / PCSK9-AnxA2 complex / low-density lipoprotein particle receptor activity / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / apolipoprotein receptor binding / intestinal cholesterol absorption / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / low-density lipoprotein particle binding / response to caloric restriction / Chylomicron clearance / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / LDL clearance / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / lipoprotein metabolic process / signaling receptor inhibitor activity / high-density lipoprotein particle clearance / lipoprotein catabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of protein metabolic process / low-density lipoprotein particle / phospholipid transport / cholesterol transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / negative regulation of receptor internalization / endolysosome membrane / negative regulation of amyloid fibril formation / regulation of signaling receptor activity / sodium channel inhibitor activity / lysosomal transport / negative regulation of protein metabolic process / artery morphogenesis / triglyceride metabolic process / cellular response to fatty acid / regulation of cholesterol metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / sorting endosome / apolipoprotein binding / positive regulation of receptor internalization / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / phospholipid metabolic process / long-term memory / 食作用 / regulation of neuron apoptotic process / Retinoid metabolism and transport / クラスリン / somatodendritic compartment / VLDLR internalisation and degradation / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / 神経発生 / receptor-mediated endocytosis / liver development / cholesterol homeostasis / kidney development / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / lipid metabolic process / neuron differentiation / positive regulation of inflammatory response / エンドサイトーシス / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / : / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / apical part of cell / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / basolateral plasma membrane / protease binding / リソソーム / molecular adaptor activity / receptor complex / エンドソーム / endosome membrane / lysosomal membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kwon, H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Antagonism of Secreted PCSK9 Increases Low Density Lipoprotein Receptor Expression in HepG2 Cells. 著者: McNutt, M.C. / Kwon, H.J. / Chen, C. / Chen, J.R. / Horton, J.D. / Lagace, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gcw.cif.gz | 122 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gcw.ent.gz | 91.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gcw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/3gcw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11283.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 細胞株 (発現宿主): human embryonic kidney cells (HEK293S) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 57443.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCSK9, NARC1, PSEC0052 細胞株 (発現宿主): human embryonic kidney cells (HEK293S) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8NBP7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 9115.157 Da / 分子数: 1 / Mutation: H306Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01130 |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.3M (NH4)H2PO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 25367 / % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0037 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 3BPS 解像度: 2.7→39.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 27.42 / SU ML: 0.247 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.923 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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