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- PDB-3gae: Crystal Structure of PUL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gae
タイトルCrystal Structure of PUL
要素Protein DOA1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Ufd3 / Cdc48 / Armadillo repeat (アルマジロリピート) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Ubl conjugation pathway / WD repeat (WD40リピート)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-modified protein reader activity / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane ...ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-modified protein reader activity / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein-containing complex binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...PUL domain / PLAA family ubiquitin binding domain / PFU domain superfamily / PUL domain / PFU (PLAA family ubiquitin binding) / PFU domain profile. / PUL domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhao, G. / Schindelin, H. / Lennarz, W.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: An Armadillo motif in Ufd3 interacts with Cdc48 and is involved in ubiquitin homeostasis and protein degradation
著者: Zhao, G. / Li, G. / Schindelin, H. / Lennarz, W.J.
履歴
登録2009年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DOA1
B: Protein DOA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5957
ポリマ－57,3052
非ポリマー2915
水9,872548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein DOA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6882
ポリマ－28,6521
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Protein DOA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9085
ポリマ－28,6521
非ポリマー2554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.588, 64.588, 115.798
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Protein DOA1


分子量: 28652.436 Da / 分子数: 2 / 断片: PUL domain, UNP residues 464-715 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UFD3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36037
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % / Mosaicity: 0.446 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium acetate (pH 5.6), 0.1M MgCl2, 26-28% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X26C11
回転陽極RIGAKU RUH3R21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2008年10月2日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2008年8月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.54181
Reflection冗長度: 4.9 % / Av σ(I) over netI: 22.68 / 数: 135271 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27590 / % possible obs: 96.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.635099.910.0620.9375.7
3.684.6310010.0620.9115.7
3.213.6810010.0711.0735.7
2.923.2110010.0811.1545.6
2.712.9210010.0921.1665.6
2.552.7110010.1091.2315.6
2.422.5510010.1211.2035.4
2.322.4299.910.1351.2973.7
2.232.329210.1561.3462.8
2.152.2372.810.1681.22.4
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 71191 / Num. obs: 71191 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 22.68
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7056 / Χ2: 1.074 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.189 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.873 / SU B: 3.713 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.09 / SU Rfree: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3597 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.181 67543 --
obs0.181 71140 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.81 Å2 / Biso mean: 13.473 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4040 0 15 548 4603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224175
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.9655674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08236810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1525507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9325.816196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50315749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7821514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0741.52542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3571.51019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78824148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66431633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1054.51525
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 260 -
Rwork0.242 4878 -
all-5138 -
obs--98.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.56280.99480.42941.18390.37990.28730.0886-0.0816-0.1166-0.0027-0.0675-0.08870.0107-0.0298-0.02110.09010.0212-0.0080.05940.02840.050756.5158-2.059423.755
21.81740.030.21961.2606-0.08860.6350.0663-0.20870.1016-0.0123-0.0788-0.1166-0.0435-0.03840.01250.0455-0.00680.01310.0833-0.00490.065867.845719.41331.3283
30.5077-0.02680.43491.6594-0.95251.41070.1003-0.0215-0.019-0.1299-0.04410.07730.1960.0244-0.05610.04670.0007-0.02130.07830.01010.054833.2535.507141.3405
41.97890.78540.22741.3783-0.14111.01010.0196-0.08890.2152-0.0205-0.02110.1553-0.07230.00090.00150.04730.00730.00140.0473-0.00160.09139.968328.350735.853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A463 - 651
2X-RAY DIFFRACTION2A652 - 715
3X-RAY DIFFRACTION3B463 - 590
4X-RAY DIFFRACTION4B591 - 715

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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