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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e4b | ||||||
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Title | Crystal structure of AlgK from Pseudomonas fluorescens WCS374r | ||||||
![]() | AlgK | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Keiski, C.-L. / Harwich, M. / Jain, S. / Neculai, A.M. / Yip, P. / Robinson, H. / Whitney, J.C. / Burrows, L.L. / Ohman, D.E. / Howell, P.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: AlgK is a TPR-containing protein and the periplasmic component of a novel exopolysaccharide secretin. Authors: Keiski, C.L. / Harwich, M. / Jain, S. / Neculai, A.M. / Yip, P. / Robinson, H. / Whitney, J.C. / Riley, L. / Burrows, L.L. / Ohman, D.E. / Howell, P.L. #1: ![]() Title: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of Pseudomonas fluorescens AlgK Authors: Keiski, C.-L. / Yip, P. / Robinson, H. / Burrows, L.L. / Howell, P.L. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 306.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 255.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 49616.281 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C1M Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.54 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / pH: 6 Details: 10% (w/v) PEG 6000, 0.1M MES pH 6.0, 0.56mM CYMAL-6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 4, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 14.4 % / Number: 706639 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 2.29 / D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 49085 / % possible obs: 99.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 68665 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.49 % / Biso Wilson estimate: 50.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 14.96 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Redundancy: 7.53 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.34 / Reflection: 44926 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.58 / Reflection: 44926 / Reflection acentric: 43432 / Reflection centric: 1494 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 62.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.79 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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