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- PDB-3fwp: X-ray structure of uridine nucleoside phosphorylease from Salmone... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fwp
タイトルX-ray structure of uridine nucleoside phosphorylease from Salmonella typhimurium complexed with phosphate and its inhibitor 2,2'-anhydrouridine at 1.86 A resolution
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Cytoplasm (細胞質) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase / nucleotide catabolic process / UMP salvage / uridine phosphorylase activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,2'-Anhydro-(1-beta-D-arabinofuranosyl)uracil / : / リン酸塩 / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Lashkov, S.A. / Mikhailov, A.M. / Gabdulkhakov, A.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: The X-ray structure of Salmonella typhimurium uridine nucleoside phosphorylase complexed with 2,2'-anhydrouridine, phosphate and potassium ions at 1.86 A resolution.
著者: Lashkov, A.A. / Zhukhlistova, N.E. / Gabdoulkhakov, A.H. / Shtil, A.A. / Efremov, R.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2009年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: entity / software
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _software.classification / _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,09515
ポリマ－163,0156
非ポリマー1,0819
水18,2851015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22230 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area43840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.790, 124.070, 134.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase / / UrdPase / UPase


分子量: 27169.092 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM3968, STMD1.21, udp / プラスミド: PBLUESCRIPT IISK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: P0A1F6, uridine phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-ANU / 2,2'-Anhydro-(1-beta-D-arabinofuranosyl)uracil / Anhydrouridine / 2,2'-ANHYDROURIDINE / CYCLOURIDINE / 2,2′-アンヒドロウリジン


分子量: 226.186 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG400, NaN3, GLYCEROL, PEG3350. K2HPO4, ANU, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→88 Å / Num. all: 124633 / Num. obs: 110180 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.094
反射 シェル解像度: 1.86→1.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique all: 1963 / Rsym value: 0.506 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DPS

3dps


解像度: 1.86→27.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.428 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20617 5509 5 %RANDOM
Rwork0.17615 ---
obs0.17765 104669 88.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→27.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10965 0 66 1015 12046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02211211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0661.96415209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59651464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06423.364437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.966151897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7241585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.26120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.27778
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.21229
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4361.57218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.819211607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07234020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9224.53591
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 419 -
Rwork0.248 7966 -
obs--92.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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