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- PDB-1rxc: E. COLI uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1rxc | |||||||||
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Title | E. COLI uridine phosphorylase: 5-fluorouracil ribose-1-phosphate complex | |||||||||
![]() | Uridine phosphorylase![]() | |||||||||
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Function / homology | ![]() uridine catabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() | |||||||||
![]() | Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of escherichia coli uridine phosphorylase in two native and three complexed forms reveal basis of substrate specificity, induced conformational changes and influence of potassium Authors: Caradoc-Davies, T.T. / Cutfield, S.M. / Lamont, I.L. / Cutfield, J.F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 574.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 472 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | the biological assembly is a hexamer. the a.u. contains two hexamers, the first consisting of chains A,B,C,D,E,F and the second of chains G,H,I,J,K,L. |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 20 molecules ABCDEFGHIJKL![](data/chem/img/R1P.gif)
![](data/chem/img/R1P.gif)
#1: Protein | ![]() Mass: 27189.055 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: this structure consists of twelve monomers, nine of which are in the closed conformation (containing substrate, 5-fluorouracil and ribose-1-phosphate) and three are in the open conformation. ...Details: this structure consists of twelve monomers, nine of which are in the closed conformation (containing substrate, 5-fluorouracil and ribose-1-phosphate) and three are in the open conformation. one of the closed active sites (chain j) appears to contain the products of nucleoside synthesis, namely 5-fluorouridine and phosphate. the dimer consisting of chains g and h is the only dimer with both monomers in the open conformation with no concomitant potassium binding. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Sugar | ChemComp-R1P / |
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-Non-polymers , 5 types, 1164 molecules ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/URF.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/5UD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/URF.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/5UD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-URF / ![]() #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | ![]() #6: Chemical | ChemComp-5UD / | #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 40.99 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: batch method under oil / pH: 7.5 Details: TRIS HCL, PEG4000, POTASSIUM ACETATE, 5-FLUOROURACIL, RIBOSE-1-PHOSPHATE, pH 7.50, BATCH METHOD UNDER OIL, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 115 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 1, 2002 / Details: OSMIC |
Radiation | Monochromator: NI FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.35→16.93 Å / Num. all: 105171 / Num. obs: 105171 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 6.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.47 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 13305 / % possible all: 84.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.35→16.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.145 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.808 / ESU R Free: 0.242 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.214 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→16.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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