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- PDB-3fnu: Crystal structure of KNI-10006 bound histo-aspartic protease (HAP... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fnu | ||||||
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Title | Crystal structure of KNI-10006 bound histo-aspartic protease (HAP) from Plasmodium falciparum | ||||||
![]() | HAP protein | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Histo-aspartic protease / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() MHC class II antigen presentation / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhaumik, P. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of the histo-aspartic protease (HAP) from Plasmodium falciparum. Authors: Bhaumik, P. / Xiao, H. / Parr, C.L. / Kiso, Y. / Gustchina, A. / Yada, R.Y. / Wlodawer, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 261.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 220.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Details | Four molecules of histo-aspartic protease (HAP) are present in the asymmetric unit. These four molecules are present as two dimers. Each protein molecule is complexed to one KNI-10006 molecule. |
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Components
#1: Protein | Mass: 37435.250 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: Histo-aspartic protease Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: 3D7 / Gene: HAP, PF14_0078 / Plasmid: pET32b(+) / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-006 / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.42 % Description: AUTHORS STATE THAT THE VALUE OF RMERGE IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL IS HIGH DUE TO POORLY DIFFRACTING CRYSTAL/HIGH SYMMETRY SPACE GROUP/HIGHLY REDUNDANT DATA. CRYSTAL HAS SUFFERED SOME RADIATION DAMAGE |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M KH2PO4, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 3→40 Å / Num. all: 39071 / Num. obs: 39041 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.128 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.1 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 1.642 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3590 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.564 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Number: 2598 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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